[发明专利]肉用西门塔尔牛6号染色体上与后腿长相关的SNP位点及应用

说明书

本发明提供了肉用西门塔尔牛6号染色体上与后腿长相关的SNP位点及应用，所述SNP标记的位点为国际牛参考基因组UMD3.1版本6号染色体上第38696766个核苷酸位点，该位点的碱基是T或G。本发明通过优选该SNP的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，提高肉用西门塔尔牛的后腿长，加快牛遗传改良进展从而有效提高肉牛育种的经济效益。

技术领域

本发明涉及肉用西门塔尔牛6号染色体上与后腿长相关的SNP位点及其用途。

背景技术

肉用西门塔尔牛是中国最流行的牛杂交群体配套品种，具有生长速度快、产肉率高的特点，因此在育种生产中常作为终端父本使用。后腿长属于牛的胴体性状，一般而言，后腿长的肉牛体型更大，因此后腿部含肉量更多。牛基因组上控制后腿长度的基因有很多，常规育种手段难以快速加快其遗传进展。而分子标记技术的快速发展则为此类性状的精准选择提供了可能。全基因组关联分析是基于SNP间的连锁不平衡，通过统计分析策略来鉴别影响表型和基因型之间关系的分析方法，在鉴别影响牛重要经济性状的分子标记方面发挥了重要作用。本发明通过全基因组关联分析策略鉴别到了影响肉用西门塔尔牛后腿长的显著SNP，将其用于分子标记辅助选择和基因组选择中，选择对提高后腿长有利的基因型进行留种，从而逐代提高优势等位基因的基因频率，则能加快种牛育种改良的进程，为肉牛养殖带来更多经济效益。

发明内容

为了实现上述目标，本发明的首要目的在于提供牛6号染色体上与肉用西门塔尔牛后腿长相关的SNP位点，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，其中序列中的M是G或T，导致牛后腿长的不同。

所述分子标记位于肉用西门塔尔牛的6号染色体上的核苷酸序列上，所述分子标记的SNP位点为SEQ ID NO：1序列标注位置为214位的T214-G214的核苷酸突变；所述的分子标记的SNP位点对应于国际牛基因组UMD3.1版本参考序列6号染色体上第38696766位G＞T突变。

本发明的另一目的在于提供上述的分子标记在筛选高后腿长的牛个体的方法，具体为，检测牛6号染色体上权利要求1所述的分子标记，所述分子标记的5’端第214位单核苷酸是T还是G，淘汰T保留G。具体体现在所述牛选自内蒙古锡林郭勒盟乌拉盖管理区牧场的肉用西门塔尔牛资源群体。

本发明的另一目的在于提供一种用于鉴定上述影响牛后腿长的分子标记的引物对，所述引物对的核酸序列如下所示：

正向引物序列如SEQ ID NO：2所示；

反向引物序列如SEQ ID NO：3所示。

上述的引物对在鉴定影响牛后腿长中的应用。

上述的引物对在牛基因组选择中的应用。

上述的引物对在提高牛后腿长中的应用。

本发明的目的在于提供一种牛的遗传改良的方法，所述方法包括：确定种牛资源群体中的种牛的上述的影响牛后腿长的分子标记的位点，并根据所述分子标记做出相应的选择：在所述种牛资源群体中选择国际牛参考基因组UMD3.1版本6号染色体上第38696766位点为GG和TG、TT基因型的种牛个体，淘汰在第38696766该位点为TT基因型的牛个体，以逐代提高该位点的等位基因G的频率，从而提高后代牛的后腿长。

本发明相对于现有技术具有如下的优点及效果：

本发明研究并确定与牛后腿长相关的分子标记，验证其对后腿长的影响效应，最终建立高效准确的基因组选择育种技术，将其应用于种牛提高后腿长的遗传改良中，从而提高后代牛的后腿长，进而增加养殖企业市场竞争力。

附图说明

图1为肉用西门塔尔牛在6号染色体上关于后腿长的全基因组关联分析(GWAS)曼哈顿图；其中：横坐标表示牛的染色体编号；纵坐标表示-logP值。