[发明专利]一种竞争性内源RNA网络调控分析系统和方法

权利要求书

1.一种竞争性内源RNA网络调控分析方法，其特征在于：包括以下步骤：

步骤S1，对样本进行lncRNA测序，得到mRNA、lncRNA、cicrRNA表达量，筛选出其中差异表达的mRNA、lncRNA、cicrRNA；

步骤S2，对样本进行小RNA测序，得到miRNA表达量，筛选出其中差异表达的miRNA；

步骤S3，将上述步骤中得到的差异表达的mRNA、lncRNA、cicrRNA和miRNA进行后续联合分析，具体包括如下步骤：

步骤S3.1，ceRNA调控网络构建；包括以下步骤：

步骤S3.1.1，筛选表达量负相关的miRNA-靶基因对，具体包括：1)进行miRNA靶基因预测，对于动物样本，使用mireap，miRanda，TargetScan三个软件进行靶基因预测，然后取将所得到的预测结果的交集作为miRNA靶基因预测的结果；对于植物样本，使用patmatch软件来进行靶基因预测；2)对得到的靶基因对计算miRNA和包括mRNA、lncRNA、circRNA的候选ceRNA的斯皮尔曼等级相关系数，筛选出相关系数≤-0.7的miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-cicrRNA对，分别用表格形式列出；

步骤S3.1.2，筛选表达量正相关的ceRNA对，是对步骤S3.1.1得到的miRNA-靶基因对之间的表达量计算皮尔森相关系数，将相关系数达到0.9以上的ceRNA对作为潜在的ceRNA对；

步骤S3.1.3，筛选确定最终的ceRNA对，将步骤S3.1.2中得到的表达量正相关的ceRNA对再利用超几何分布检验，筛选P值小于0.05的ceRNA对为最终的ceRNA对；

步骤S3.1.4，构建ceRNA调控网络图；

步骤S3.2，ceRNA GO/Pathway功能分析；

步骤S3.3，ceRNA连通性分析。

2.根据权利要求1 所述的一种竞争性内源RNA网络调控分析方法，其特征在于：所述步骤S1中筛选出其中差异表达的mRNA、lncRNA、cicrRNA，以及所述步骤S2中筛选出其中差异表达的miRNA，其中差异表达的mRNA、lncRNA筛选条件为FDR0.05且|log₂FC|1，差异表达的miRNA、circRNA筛选条件为p0.05且|log₂FC|1。

3.根据权利要求2所述的一种竞争性内源RNA网络调控分析方法，其特征在于：所述步骤S2中筛选出其中差异表达的miRNA的条件为p0.05且|log₂FC|1。

4.权利要求1～3任意一项权利要求所述的竞争性内源RNA网络调控分析方法在分析基因相互作用关系、鉴定疾病关键基因或构建疾病关键基因调控网络中的应用。