[发明专利]一种与鸡粉壳蛋暗斑相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种与鸡粉壳蛋暗斑相关的SNP分子标记，属于分子标记与遗传育种领域。所述SNP分子标记的SNP位点位于国际鸡参考基因组GRCg6a Primary Assembly版本第5号染色体第24359610位，且该处碱基是G或C。本发明还提供了用于检测上述SNP标记的引物组合及其应用。利用该SNP分子标记和引物组合，可建立鸡粉壳蛋暗斑高效准确的分子标记辅助育种方法，从而有效地对暗斑进行针对性选择，获得较好的遗传进展。进而有效地改善粉壳蛋暗斑的选育方法，促进地方特色蛋鸡产业的发展。

技术领域

本发明属于分子标记技术领域，具体涉及一种与鸡粉壳蛋暗斑相关的SNP 分子标记及其应用。

背景技术

随着我国经济的迅速发展，人们消费水平的提高，对地方特色蛋鸡的需求越来越高，我国地方特色蛋鸡的年饲养量已超过2亿只，占蛋鸡总量的10％。地方特色蛋鸡市场份额提高的同时，人们对蛋品质的要求越来越高。市场上暗斑严重的鸡蛋影响了消费者的选择，使消费者购买欲望低，严重影响了养殖效益。

蛋壳暗斑最早由Holst等于1932年提出，国内学者称为薄斑或底斑，主要是由蛋壳厚度不均匀而出现的一种现象，影响鸡蛋的外观。在蛋壳上表现有条状、片状、带状、点状等，直径也从针尖大小至几厘米，肉眼下可见几个至成百上千个。不同蛋壳颜色鸡蛋的暗斑数量不同，褐壳蛋的暗斑很少，粉壳蛋暗斑相对较多。受我国消费市场对粉壳蛋的需求影响，蛋鸡育种者有必要对粉壳蛋的暗斑性状进行选择。

暗斑的选择首先要确定暗斑的评定方案，目前对暗斑的度量多采用四级评分系统，然而该方法易受不同人的判断影响结果。生产中无论从表观测定还是分子标记均无对蛋壳暗斑的有效选择方法。

随着分子生物学技术的发展，分子标记辅助选择方法(marker assistedselection, MAS)被越来越多地应用于育种环节中加快了遗传进展。诸多研究表明，蛋壳暗斑可遗传给后代，利用分子标记技术对该性状进行准确选择，能够改善蛋壳暗斑的选育方法，加快蛋壳暗斑的选育进程。

发明内容

为了解决生产中鸡粉壳蛋暗斑性状选育方法的不足，发明人进行了大量研究，意外地发现国际鸡参考基因组GRCg6a Primary Assembly版本第5号染色体上物理位置第24359610核苷酸处的GC突变与鸡粉壳蛋暗斑相关，从而完成本发明。

本发明第一方面提供一种与鸡粉壳蛋暗斑相关的SNP分子标记，所述SNP SNP位点位于国际鸡参考基因组GRCg6a Primary Assembly版本第5 号染色体第24359610位，且该处碱基是G或C。所述的SNP标记在国际鸡参考基因组上的名称为rs315949374。

本发明第二方面提供一种与鸡粉壳蛋暗斑相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，且其第216位碱基是 G或C。

本发明第三方面提供检测本发明第一方面或第二方面所述的SNP分子标记的试剂在制备用于鉴定待测鸡种或品系粉壳蛋暗斑性状的试剂盒中的应用。

在本发明的一些实施方案中，所述试剂为能够扩增所述SNP分子标记的引物组合。

在本发明的一些实施方案中，所述引物组合由具有SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的上游引物和具有SEQ ID NO.2所示核苷酸序列的下游引物组成。

本发明的第四方面提供一种用于鉴定待测鸡种或品系粉壳蛋暗斑性状的试剂盒，包括能够检测本发明第一方面或第二方面所述的SNP分子标记的试剂。

在本发明的一些实施方案中，所述试剂为能够扩增所述分子标记的引物组合。

在本发明的一些实施方案中，所述引物组合由具有SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的上游引物和具有SEQ ID NO.2所示核苷酸序列的下游引物组成。