[发明专利]一种牡丹皮的转录组SSR分子标记体系及其应用

权利要求书

1.一种牡丹皮的转录组SSR分子标记引物对组合，其特征在于，包括以下10个引物对：

引物对P1，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1和 SEQ ID NO.2所示；

引物对P2，其核苷酸序列如SEQ ID NO.3和 SEQ ID NO.4所示；

引物对P3，其核苷酸序列如SEQ ID NO.5和 SEQ ID NO.6所示；

引物对P4，其核苷酸序列如SEQ ID NO.7和 SEQ ID NO.8所示；

引物对P5，其核苷酸序列如SEQ ID NO.9和 SEQ ID NO.10所示；

引物对P6，其核苷酸序列如SEQ ID NO.11和 SEQ ID NO.12所示；

引物对P7，其核苷酸序列如SEQ ID NO.13和 SEQ ID NO.14所示；

引物对P8，其核苷酸序列如SEQ ID NO.15和 SEQ ID NO.16所示；

引物对P9，其核苷酸序列如SEQ ID NO.17和 SEQ ID NO.18所示；

引物对P10，其核苷酸序列如SEQ ID NO.19和 SEQ ID NO.20所示；

所述牡丹皮的品种为单瓣红、重瓣红、凤丹、赵粉、葛巾紫、丁香紫、大棕紫、萍实艳、海黄、姚黄、洛阳锦、黑牡丹、白牡丹。

2.权利要求1所述一种牡丹皮的转录组SSR分子标记引物对组合在牡丹皮的品种鉴定和品质评价中的应用；所述牡丹皮的品种为单瓣红、重瓣红、凤丹、赵粉、葛巾紫、丁香紫、大棕紫、萍实艳、海黄、姚黄、洛阳锦、黑牡丹、白牡丹。

3.权利要求1所述一种牡丹皮的转录组SSR分子标记引物对组合的筛选方法，其特征在于，具体步骤如下：

（1）提取新鲜牡丹皮样品RNA，构建牡丹皮转录组文库并进行测序分析，获得牡丹皮转录组序列，并用Trinity软件对转录本进行拼接得到Unigene；

（2）Unigene功能注释使用BLAST软件将Unigene序列与NR、Swiss-Prot、GO、COG、KOG、eggNOG4.5、KEGG数据库比对，使用KOBAS2.0得到Unigene在KEGG中的KEGG Orthology结果，预测完Unigene的氨基酸序列之后使用HMMER软件与Pfam数据库比对，获得Unigene的注释信息，得到参与牡丹皮中丹皮酚、芍药苷、没食子酸的生物合成通路中的功能基因或片段，独立建成功能基因数据库；

（3）使用MISA软件对功能基因数据库中核苷酸长度大于1000 bp的Unigene进行SSR位点的筛选和分析，从得到的总SSR中再设置条件进行筛选，筛选标准：二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸最少重复次数分别为 9、6、5、4、4；

（4）采用Primer 5软件设计SSR引物，引物设计参数为引物长度为 18～25bp；PCR 扩增产物长度为 100～400 bp；GC 含量为40%～60%；

（5）对步骤（4）所设计的引物在不同牡丹皮样本中进行可扩增性和通用性鉴定，得到在不同品种牡丹皮中具有可扩增性和通用性的上述SSR分子标记引物对组合。