[发明专利]一种肠道菌群检测分析方法、装置、系统及存储介质有效
申请号: | 201910800300.0 | 申请日: | 2019-08-27 |
公开(公告)号: | CN110512011A | 公开(公告)日: | 2019-11-29 |
发明(设计)人: | 何诗阳;谭博文;黄晶盈 | 申请(专利权)人: | 深圳百诺精准医疗科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/689 | 分类号: | C12Q1/689;C12Q1/6869;C12M1/26;C12Q1/06;C12Q1/10;G16B15/00 |
代理公司: | 44604 深圳市华盛智荟知识产权代理事务所(普通合伙) | 代理人: | 孙成<国际申请>=<国际公布>=<进入国 |
地址: | 518000 广东省深圳市前海深港合作区前*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 粪便样本 总DNA 样本 肠道菌群检测 生物信息分析 自动化分析 测序数据 复杂生物 流程整合 生物信息 输入文件 信息分析 液相混合 最终结果 分析 常温下 测序 解读 扩增 制备 文库 粪便 采集 | ||
1.一种肠道菌群检测分析方法,其特征在于,该方法包括:
采集粪便样本后立刻与DNA保护液相混合;
常温下转移粪便样本;
提取粪便样本总DNA;
对样本总DNA进行16SrRNA目标片段进行扩增,使用试剂盒提纯PCR产物获取纯化目标DNA;
将纯化后的DNA进行文库制备及测序;
根据测序数据分析样本粪便的生物信息生成报告;
解读报告上的分析结果。
2.根据权利要求1所述的肠道菌群检测分析方法,其特征在于,所述采集粪便样本后立刻与DNA保护液相混合的步骤具体包括:
准备采集管;
用采集管采集粪便样本;
封装存有粪便样本的采集管。
3.根据权利要求2所述的肠道菌群检测分析方法,其特征在于,所述提取粪便样本总DNA的步骤具体包括:
提取采集管内粪便样本的总DNA;
检测总DNA的完整性;
检测总DNA的纯度。
4.根据权利要求1所述的肠道菌群检测分析方法,其特征在于,所述对样本总DNA进行16SrRNA目标片段进行扩增,使用试剂盒提纯PCR产物获取纯化目标DNA的步骤具体包括:
合成PCR引物,
PCR引物扩增得到足量的PCR产物;
电泳检测PCR产物;
切取PCR产物400-500bp附近的明亮DNA条带;
将含有目标片段的明亮DNA条带转入纯化试剂盒获取纯化DNA。
5.根据权利要求1所述的肠道菌群检测分析方法,其特征在于,所述将纯化后的DNA进行文库制备及测序的步骤具体包括:
将存有纯化DNA的PCR管放到PCR仪中在55℃孵育5分钟;
文库洗脱缓冲液注入到PCR管中;
PCR管在PCR仪上进行文库扩增;
对文库扩增后的PCR上机测序获得测序数据。
6.根据权利要求1所述的肠道菌群检测分析方法,其特征在于,所述根据测序数据分析样本粪便的生物信息生成报告的步骤具体包括:
过滤低质量测序数据;
测序数据的嵌合体读段去除;
测序数据质量校准;
微生物菌群多态性分析;
微生物菌群分类分析;
目标菌群相对丰度比较分析;
生成分析报告。
7.一种样本采集装置,其特征在于,该装置用于实现如权利要求1所述的方法,所述装置包括采集管和DNA保护液,粪便样本存入采集管后立刻与DNA保护液相混合。
8.一种肠道菌群检测分析系统,其特征在于,该系统用于实现如权利要求1所述的方法,所述系统包括:
DNA提取模块,提取粪便样本总DNA;
16SrRNA扩增模块,对样本总DNA进行16SrRNA的扩增获取纯化DNA;
文库制备及测序模块,将纯化后的DNA进行文库制备及测序,获取测序数据;
测序数据分析模块,根据测序数据分析样本粪便的生物信息并生成报告;
报告解读模块,解读报告上的分析结果;
所述DNA提取模块提取的粪便样本总DNA转移至16SrRNA扩增模块进行16SrRNA的扩增获取纯化DNA,文库制备及测序模块获取纯化DNA进行文库制备及测序获得测序数据,测序数据分析模块获取测序数据分析样本粪便的生物信息并生成报告,报告解读模块根据报告解读出分析结果。
9.一种终端,其特征在于,包括存储器、处理器以及存储在所述存储器中并可在所述处理器上运行的计算机程序,所述处理器执行所述计算机程序时实现如权利要求8所述系统的功能。
10.一种计算机可读存储介质,其特征在于,所述计算机可读存储介质存储有计算机程序,所述计算机程序被处理器执行时实现如权利要求8所述系统的功能。
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