[发明专利]实体瘤多基因检测基因芯片及其制备方法和检测装置

说明书

一种实体瘤多基因检测基因芯片及其制备方法和检测装置，该基因芯片包含如表1所示的用于检测肿瘤突变负荷和靶向用药相关突变位点的基因区域的探针序列，以及如表2所示的用于检测微卫星不稳定位点的探针序列。本发明的基因芯片，能够捕获859个肿瘤突变负荷和靶向用药相关突变位点以及250个微卫星不稳定位点的基因区域，这些基因区域可真实反映人全基因组上肿瘤突变负荷及微卫星不稳定状态的变化趋势，且该区域覆盖了常见的靶向用药相关突变位点，可以同时用于各种肿瘤分子标志物的检测。

技术领域

本申请涉及肿瘤检测领域，特别是涉及一种实体瘤多基因检测基因芯片及其制备方法和检测装置。

背景技术

肿瘤是由基因组变异引起的疾病。肿瘤的治疗包括手术、放疗、化疗、分子靶向治疗、免疫治疗等多种手段，其中靶向治疗及免疫治疗均需要根据临床分子标志物的状态制定相应治疗策略。

肿瘤的靶向治疗是在细胞分子水平上，针对已经明确的致癌位点设计相应的治疗药物，特异地选择致癌位点结合发生作用，使肿瘤细胞特异性死亡的治疗方式。靶向治疗药物可分为靶向性的表皮生长因子受体(EGFR)阻断剂、针对某些特定细胞标志物的单克隆抗体、酪氨酸激酶受体抑制剂、抗肿瘤血管生成药物及其他激酶抑制剂等，在应用靶向药物之前需要确定患者致癌位点及相关标志物的变化情况，因此基因检测是靶向治疗前的必要步骤。

免疫检查点抑制剂开辟了肿瘤治疗的新时代，但由于缺乏合适的临床分子标志物，PD-1/PD-L1药物的受益人群无法被高效筛选，筛选率只有20％-30％。肿瘤突变负荷(TMB)是反应肿瘤细胞中总的基因突变程度的一个指标，通常以每百万碱基(Mb)的肿瘤基因组区域中包含的肿瘤体细胞突变总数来表示。不同类型的肿瘤、同一种肿瘤中不同人群的TMB水平会不一样，并且在平均TMB水平比较高的肿瘤中，也并不是所有患者的TMB水平都比较高，不同肿瘤类别中存在高TMB水平的人群比例都不一样。已有研究表明高TMB的水平能大概率预测肺癌、膀胱癌、黑色素瘤等肿瘤对免疫检查点抑制剂药物响应概率。鉴于TMB作为标志物在临床试验已取得一些良好的效果，国内外已有一些大型的公司或药企单独或合作进行TMB生物标志物的开发，研究将TMB纳入免疫检查点抑制剂药物临床试验的检测范围。微卫星不稳定(MSI)也是一种分子标志物，临床上有高效准确检测肿瘤突变负荷、微卫星不稳定及靶向治疗位点突变的需求。

但目前市场上相关产品多为单项检测，以3种指标(TMB、MSI、靶向治疗位点突变)为例，需要分别单独检测，具有成本高、周期长、样本用量大的缺陷，不适合临床应用。亟待开发一种可以同时检测多种指标的检测试剂盒，可以高效地检测多种指标。

发明内容

本发明提供一种实体瘤多基因检测基因芯片及其制备方法和检测装置，能够同时分析TMB、MSI和靶向治疗位点突变三种指标，预测肿瘤靶向治疗药物及免疫检查点抑制剂疗效。

根据第一方面，本发明提供一种实体瘤多基因检测基因芯片，该基因芯片包含如表1所示的用于检测TMB和靶向用药相关突变位点的基因区域的探针序列，以及如表2所示的用于检测MSI位点的探针序列。

在优选实施例中，上述基因芯片还包含检测如表3所示的HLA基因型的探针。

在优选实施例中，上述基因芯片还包含检测SNP质控位点的探针，上述SNP质控位点为根据Cell Lines Project(细胞系项目)数据库设计的，中国人群中突变频率在0.4-0.6区间的位点。