[发明专利]转基因鉴定方法及鉴定装置

说明书

本发明提供了一种转基因鉴定方法和鉴定装置。该鉴定方法包括：获取待鉴定样本的待测数据、待鉴定样本的载体序列和宿主基因组序列；将所述宿主基因组序列与所述待鉴定样本的载体序列进行同源性比对，并在所述待鉴定样本的载体序列上标记与所述宿主基因组序列同源的区域，得到标记区域；将所述待测数据与所述待鉴定样本的载体序列进行比对，得到多个候选外源DNA片段；从多个所述候选外源DNA片段中去除含有所述标记区域的片段，得到外源DNA片段。通过对待鉴定样本的载体序列上的同源性区域进行标记，以便从比对得到的多个候选外源DNA片段中去除标记的区域，从而排除假阳性错误，因此该鉴定方法操作简单且准确性高。

技术领域

本发明涉及转基因鉴定领域，具体而言，涉及一种基于高通量测序数据的转基因鉴定方法及鉴定装置。

背景技术

转基因生物(Genetically Modified Organism，简称GMO)，是利用现代分子生物学技术改变基因组构成的生物，而非传统的选择育种，一般包括转基因植物、动物和微生物。随着生物技术研究的不断深入，关于转基因植物鉴定的工作不断得到深入，已发展到分子水平。通过核酸扩增将物质的遗传物质进行扩增，通过特定引物对所需要的DNA或RNA进行合成，如能成功合成，则代表所要得到的DNA或者RNA是存在的。对转基因植株的分子检测主要包括分子标记、分子目前常用的分子标记技术主要包括：RFLP、PCR、RAPD、AFLP、SSR以及DNA指纹技术。

RFLP技术是指一个物种的DNA片段长度的变异性。一个物种的DNA在限制性内切酶识别位点上发生了单个碱基突变、结构重排(包括缺失、重复、易位和插入等)以及甲基化等。因而在酶切的时候，产生的DNA片段的数目和大小不同，电泳会出现不同的片段。理论上讲，每一个品种就是一种基因型，通过分析大多可以找到相应的RFLP指纹图谱。利用这项技术已在水稻、大麦等植物中的转基因获得的植株进行检测，从而得到变异的植株，认定这可能是转基因植株。

PCR技术是在体外对特定的DNA序列进行扩增的技术。自1987发现该技术以来，促进了生物学、医学等多领域研究的分子水平分析的发展。PCR可扩增DNA特异性片段，其特异分析通常依凝胶电泳上的靶片段产物来评估。现在已经利用该技术对欧美杨、番茄、辣椒、、豆瓣菜、小麦等大多数的转基因植物进行鉴定，是当今用于转基因植物鉴定的所用的最简单、最常用的方法。

RAPD技术是1990年在PCR基础上共同发明的一项DNA分子标记技术。与其它DNA标记技术相比较，该技术具有简单、快速、准确、灵敏度高和多态性丰富等优点。RAPD技术在作物品种的DNA指纹鉴定、品种分类、种质的分析和收集、物种的起源与进化以及濒危植物的检测等方面应用广泛。现在利用RAPD技术可以鉴定外源DNA的转入情况，例如向平安等(1999)对高梁DNA导入水稻RAPD鉴定工作等。

AFLP技术是1993年由荷兰科学家Zabean和Vos在RFLP和RAPD基础上发展起来的一种检测DNA多态性的技术。与RFLP类似，AFLP也是通过限制性内切酶片段的不同长度检测DNA多态性的一种分子标记技术。但AFLP是通过PCR反应先把酶切片段扩增，然后把扩增的酶切片段在高分辨率的顺序分析胶上进行电泳，多态性即以扩增片段的长度不同检测出来。最近利用AFLP衍生的cDNA-AFLP技术，来研究基因表达。在过去，人们研究了编码主要贮藏蛋白的基因，并分离了与淀粉合成有关的基因，但是，人们不知道块茎器官发生的基因表达及调控过程。

SSR简单重复序列，亦称微卫星DNA，是近年来发展起来的建立在PCR基础的第二代分子标记。这是一类由几个核苷酸(一般为15个)为重复单位组成的长达几十个核苷酸(一般少于100bp)的串联重复序列，如(GA)n、(GATA)n等。植物体内的二核苷酸重复(AT)n远比哺乳动物丰富，植物基因组中平均每隔2kb就有一个三核苷酸或四核苷酸重复，且每种类型的SSR在不同的物种中出现的频率不同。SSR多态性的信息量非常的丰富，具有RFLP的遗传学优点，比RAPD重复性和可靠性高，因而为目前遗传标记中的热点。因而进行基因表达的检测，则是研究基因功能的一个重要环节。