[发明专利]无芒隐子草LTR-RT分子标记引物及在种质鉴定中的应用

说明书

本发明属于生物技术领域，具体涉及无芒隐子草LTR‑RT(长末端重复反转录转座子)分子标记引物及在隐子草属种质鉴定中的应用。具体采用80对引物对23种无芒隐子草种质进行区分，本发明的鉴定方法可利用较少的引物组合在4h之内完成对供试隐子草属种质的比对鉴定，具有准确、高效、快速、成本低以及操作方便等优势，本申请具有较高的灵敏度和精确度。

技术领域

本发明属于生物技术领域，无芒隐子草LTR-RT分子标记引物及在隐子草属种质鉴定中的应用。

背景技术

无芒隐子草(Cleistogenes songorica)是禾本科隐子草属多年生牧草，多生于干旱草原、荒漠或半荒漠沙质地，为荒漠草原的建群种和优势种。其具有较强的耐旱性，可在年降雨量120mm地区生长，耐寒性、耐热性强，较耐践踏，青绿期长，不仅可用于畜牧业生产，还可用作一般的草坪植物。在我国西北干旱、半干旱地区、干旱荒漠地区生态系统稳定起到了重要作用，具有重要的生态价值和遗传价值。隐子草属约有20余种，分布于亚洲中部和北部以及欧洲南部，我国有12种2变种。同时，由于我国地貌广阔，在不同生境中形成的繁多生态型，不同生境包括不同的经纬度、海拔等等要素，这些都构成了隐子草属种质资源的遗传多样性。先前，国内外学者主要基于形态学标记对隐子草属种质资源进行鉴定，划分种和种下等级(包括亚种、变种、变型)主要依靠一些数量性状，如芒、外稃和颖的长度。但是，由于这些性状在种间非常相似，给种的划分带来了困难以及不确定，至于种下等级包括亚种、变种、变型依靠形态学就更难区分了。因此，建立一套快速、精确、廉价的隐子草属种质资源精准鉴定技术，对于筛选优异资源辅助育种是非常必要的。

随着现代分子生物学的发展，分子标记越来越多的被应用于品种鉴定中，如以PCR反应为基础的SSR、ILP、LTR-RT相关分子标记(RBIP、IRAP、ISBP、REMAP)等。LTR-RT序列在植物基因组中的广泛分布、可转移、较强的序列保守性都使其适合作为分子标记。与其它分子标记相比，LTR-RT相关标记具有许多独特的优点，具有较强的丰富性、特异性、共显性、可靠性。可以用于品种鉴定、系统发育分析、遗传多样性分析以及遗传连锁作图等方面。

作为一种新型的分子标记，迄今为止，LTR-RT相关标记主要在小麦、大麦、小米等少数植物中得到开发并主要应用于遗传多样性分析和遗传连锁图谱构建。如SurinderSingh等利用LTR-RT相关标记研究了47种野生和栽培大麦的遗传多样性(参见《The CropJournal》，2017年，《Transposon-based genetic diversity assessment in wild andcultivated barley》)。但在非模式植物无芒隐子草中，LTR-RT相关标记的开发以及在品种鉴定中的应用尚未见报道。因此，在全基因组水平开发无芒隐子草LTR-RT相关分子标记并研究其在隐子草属种质鉴定中的应用，对隐子草属种质鉴定以及分子标记辅助育种具有重要意义。

发明内容

本发明目的在于提供80对无芒隐子草LTR-RT分子标记引物，用于对隐子草属种质进行鉴定。

为解决上述技术问题，本发明采用如下技术方案：

无芒隐子草LTR-RT相关分子标记引物，所述分子标记引物包括如实施例中所述的80对分子标记引物。

无芒隐子草LTR-RT相关分子标记引物在隐子草属种质鉴定中的应用，其中所述的隐子草属种质包括表1中所列的隐子草属种质。

表1 隐子草属种质信息

一种鉴定隐子草属种质的试剂盒，包含所述的无芒隐子草LTR-RT相关分子标记引物。

本发明的有益效果是：