[发明专利]用于检测水稻抗稻瘟病广谱基因Pi1的KASP分子标记及应用

说明书

本发明公开了用于检测水稻抗稻瘟病广谱基因Pi1的KASP分子标记及应用，该分子标记包括SNP位点1和SNP位点2。SNP位点1位于水稻11号染色体第30654770位碱基，分子标记多态性为A/T；SNP位点2位于水稻11号染色体第30655545位碱基，分子标记多态性分别为C/G。本发明的分子标记检测Pi1基因位点特异性高，提供的SNP分子标记的应用方法操作方便，检测结果准确可靠，可用于水稻Pi1基因的鉴定及辅助育种，能够解决传统选育的效率低和周期长的难题。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，涉及用于检测水稻抗稻瘟病广谱基因Pil的KASP分子标记及应用。

背景技术

水稻(Oryza sativa L.)是重要的粮食作物。水稻稻瘟病是由子囊菌引起的病害，从上个世纪90年代开始，我国年均稻瘟病发病面积超过4千万hm2，造成的损失达到10万kg，因此稻瘟病是我国水稻生产的严重障碍，也是水稻育种过程中的难题。几十年的生产实践经验表明，鉴定主栽水稻品种抗稻瘟病基因型，并选育抗病品种是解决稻瘟病最为经济和有效的手段。

截至2015年3月，已在69个抗稻瘟病位点中定位了84个主效基因，且克隆了其中的24个。这些基因成簇地位于除第3染色体外的所有水稻染色体。根据Gramene提供的资料，已定位了183个与稻瘟病抗性相关的QTL。其中，已鉴定的水稻抗稻瘟病广谱基因Pi1位于水稻第11号染色体上，具有广谱持久的抗性。柳武革等通过分子标记辅助选择育种技术，将抗稻瘟基因Pi-1和Pi-2聚合到GD-7S中，获得具有持久稳定抗性的两系不育系，并育成多个通过省级审定的两系杂交稻组合。于苗苗等的研究结果表明，聚合Pi1/Pigm和Pi1/Pi2杂种的抗性频率均超过90％。

传统的水稻抗性育种是通过抗性鉴定对植株进行表型选择，耗费时间长，且易受环境条件的限制，鉴定结果容易造成误差，选择效率较低。利用分子标记辅助育种(Molecular Marker－assisted Selection，MAS)简单有效，可以降低育种成本，缩短选育周期。目前常用的分子标记类型是SNP，通过分子标记辅助选择对这些品种聚合抗病基因的最适基因型组合，增加其抗性，这种提高稻瘟病抗性的改良将大大提高育种效率，带来巨大的社会经济效益。

KASP(KompetitiveAllele Specific PCR，即竞争性等位基因特异性PCR)是高通量SNP检测技术，可在广泛的基因组DNA样品中，对SNPs和特定位点上的InDels进行非常准确的双等位基因判定，该技术具有高度稳定性和准确性，为选育抗病水稻品种提供重要技术支撑，解决了传统选育的效率低和周期长的难题。

发明内容

本发明的目的是提供一种用于检测水稻抗稻瘟病广谱基因Pil的KASP分子标记及应用。

为实现本发明的目的，本发明的技术方案如下：本发明提供一种用于检测水稻抗稻瘟病广谱基因Pi1的KASP分子标记，所述的分子标记包括SNP位点1和SNP位点2；

上述SNP位点1位于水稻11号染色体第30654770位碱基，分子标记多态性为A/T；该SNP位点1前后共401bp的序列如SEQ.ID.NO.7所示，第201bp的碱基即为SNP位点1；

上述SNP位点2位于水稻11号染色体第30655545位碱基，分子标记多态性为C/G；该SNP位点2前后共411bp的序列如SEQ.ID.NO.8所示，第211bp的碱基即为SNP位点2。

用于检测上述KASP分子标记的引物组合，包括检测SNP位点1和检测SNP位点2的引物组：

检测SNP位点1的引物组包括引物PrimerX1、PrimerY1、PrimerC1，PrimerX1的序列如SEQ.ID.NO.1所示，PrimerY1的序列如SEQ.ID.NO.2所示，PrimerC1的序列如SEQ.ID.NO.3所示；