[发明专利]一种快速选择繁殖用肉牛系祖的方法

权利要求书

1.一种快速选择繁殖用肉牛系祖的方法，其特征在于：包括如下步骤：

1）对待选育牛个体进行全基因组单核苷酸多态性标记开发；

2）针对12-36月龄生长性状，根据个体表型和基因型数据进行全基因组关联分析，获得与目标性状显著相关的SNP标记；针对每一个显著的SNP，在公畜中计算该SNP优异等位基因的加性效应值，并根据加性效应值计算每个公畜的个体参考值；采用与公畜相同的方法计算母畜的个体参考值；

3）根据个体参考值对所有公畜进行排序，选择排名最高且12-36月龄生长性状最优的公畜个体作为公畜系祖；根据个体参考值对所有母畜进行排序，选择个体参考值排名靠前且12-36月龄生长性状优秀的母畜个体作为备选母畜，与公畜系祖进行同质选配。

2.根据权利要求1所述的快速选择繁殖用肉牛系祖的方法，其特征在于：根据公畜和母畜个体全基因组的基因型数据，计算个体间的遗传距离；根据遗传距离将所有个体进行聚类分析，根据分析结果将待选育牛个体分成5-10个组；

在选出公畜系祖后，记录该个体所在分组，并判定与该组聚为一类的群组；母畜避免在公畜系祖所在组和与其聚为一类的群组中选择，进而选择出其他组中个体参考值排名靠前且12-36月龄生长性状优秀的母畜个体作为备选母畜。

3.根据权利要求2所述的快速选择繁殖用肉牛系祖的方法，其特征在于：计算个体间的Nei’s遗传距离，利用最长距离法根据个体间的Nei’s遗传距离对所有个体进行聚类分析。

4.根据权利要求2所述的快速选择繁殖用肉牛系祖的方法，其特征在于：在判定与公畜系祖所在组聚为一类的群组时，基于以下标准：在聚类分析的树状图中，组的上一级分类即为群组。

5.根据权利要求1所述的快速选择繁殖用肉牛系祖的方法，其特征在于：步骤2）中利用一般线性模型进行全基因组关联分析。

6.根据权利要求1所述的快速选择繁殖用肉牛系祖的方法，其特征在于：步骤2）中所述加性效应值由优异等位基因纯合型和非优异等位基因纯合型的平均表型值间差异的均值计算。

7.根据权利要求6所述的快速选择繁殖用肉牛系祖的方法，其特征在于：步骤2）中所述公畜个体参考值的计算具体为：对于某个SNP，如果个体为非优异等位基因纯合型则该个体该SNP参考值记为0，杂合型记为A，优异等位基因纯合型记为2A，其中A为该SNP的加性效应值；对于每个个体，通过累加所有显著SNP的参考值，即为该公畜的个体参考值。

8.根据权利要求3所述的快速选择繁殖用肉牛系祖的方法，其特征在于：步骤2）中利用R语言“StAMPP”数据包中的“stamppNeisD”功能计算个体间的Nei’s遗传距离。

9.根据权利要求1所述的快速选择繁殖用肉牛系祖的方法，其特征在于：步骤2）中所述生长性状为牛体重、体高、体斜长、十字部高、胸围、腹围、管围中的一种。