[发明专利]检测枯草芽孢杆菌NCD-2菌株的特异性引物及应用在审
申请号: | 201910664535.1 | 申请日: | 2019-07-23 |
公开(公告)号: | CN110295242A | 公开(公告)日: | 2019-10-01 |
发明(设计)人: | 马平;郭庆港;李社增;王培培;鹿秀云;张晓云;赵卫松;苏振贺 | 申请(专利权)人: | 河北省农林科学院植物保护研究所 |
主分类号: | C12Q1/689 | 分类号: | C12Q1/689;C12Q1/6851;C12Q1/06;C12N15/11 |
代理公司: | 北京细软智谷知识产权代理有限责任公司 11471 | 代理人: | 刘静培 |
地址: | 071000 *** | 国省代码: | 河北;13 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 菌株 引物 枯草芽孢杆菌 特异性引物 特异性检测 核苷酸序 检测 检测试剂 扩增信号 目的片段 上游引物 下游引物 应用检测 假阴性 试剂盒 扩增 细菌 保存 应用 | ||
1.一种检测枯草芽孢杆菌NCD-2菌株的特异性引物,其特征在于,所述引物包括上游引物qNCD-ORF7-F和下游引物qNCD-ORF7-R;
所述qNCD-ORF7-F的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示:5’-AGGCAGCATTCAAGCACCAG-3’;
所述qNCD-ORF7-R的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示:5’-AGCCAGCGATCATTCCCATC-3’。
2.一种特异性检测枯草芽孢杆菌NCD-2菌株的试剂盒,其特征在于,所述检测试剂盒包含DNA裂解液、扩增反应液、引物混合液和阳性对照液,所述引物混合液包括如权利要求1所述的特异性引物。
3.根据权利要求2所述的特异性检测枯草芽孢杆菌NCD-2菌株的试剂盒,其特征在于,所述DNA裂解液包括100mM NaCl、pH值为8.0的10mM Tris-HCl、pH值为8.0的25mM EDTA、1%W/V的十二烷基硫酸钠和1.7μg/μL蛋白酶K;所述扩增反应液包括PCR缓冲液、25mM MgCl2溶液和2.0mM脱氧核糖核苷酸溶液。
4.根据权利要求2所述的特异性检测枯草芽孢杆菌NCD-2菌株的试剂盒,其特征在于,所述引物混合液包括100pmol/μL的qNCD-ORF7-F和100pmol/μL的qNCD-ORF7-R;所述阳性对照液包含枯草芽孢杆菌NCD-2菌株DNA,浓度为200pmol/μL。
5.一种如权利要求1所述的特异性引物在制备用于检测枯草芽孢杆菌NCD-2菌株的试剂盒中的应用。
6.一种如权利要求1所述的特异性引物在检测枯草芽孢杆菌NCD-2菌株中的应用。
7.一种定性检测枯草芽孢杆菌NCD-2菌株的方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)提取待测样品中的基因组DNA;
(2)PCR扩增:以基因组DNA为模板,以qNCD-ORF7-F和qNCD-ORF7-R为引物进行PCR扩增;
(3)PCR产物观察:取扩增产物进行电泳,电泳结束后进行染色,随后进行PCR产物观察。
8.根据权利要求7所述的定性检测枯草芽孢杆菌NCD-2菌株的方法,其特征在于,步骤(2)中,PCR反应体系为:含Mg2+的缓冲液5μL、脱氧核糖核苷酸8μL、引物qNCD-ORF7-F 1μL、引物qNCD-ORF7-R 1μL、基因组DNA 1μL、rTaq DNA聚合酶1μL,双蒸水33μL;PCR反应条件为:95℃预变性5min,94℃变性45s,60℃退火45s,72℃延伸45s,共35个循环,72℃链延伸10min;
步骤(3)中,所述电泳电压为90-110V,所述电泳时间为35-45min,进行所述染色的染料为Gold View染料,所述染色时间为25-35min。
9.一种定量检测枯草芽孢杆菌NCD-2菌株的方法,其特征在于,包括以下步骤:
(S1)提取待测样品中的基因组DNA;
(S2)实时定量PCR扩增:以基因组DNA为模板,以qNCD-ORF7-F和qNCD-ORF7-R为引物进行实时定量PCR扩增;
(S3)根据扩增结果,对枯草芽孢杆菌NCD-2菌株进行定量。
10.根据权利要求9所述的定量检测枯草芽孢杆菌NCD-2菌株的方法,其特征在于,步骤(S2)中,实时定量PCR反应体系为:KOD SYBR qPCR Mix 10μL、浓度为10μM的qNCD-ORF7-F0.4μL、浓度为10μM的qNCD-ORF7-R 0.4μL、50×ROX参比染料0.4μL、基因组DNA 2μL、双蒸水6.8μL;PCR反应条件为:98℃2min,98℃10s、60℃10s、68℃30s、40个循环。
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