[发明专利]基于KASP技术开发的玉米核心SNP标记及其应用

说明书

本发明提供一套基于KASP技术开发的玉米核心SNP标记及其应用。本发明利用生物信息学方法从大量种质资源基因型数据中挑选出22个玉米核心SNP标记。利用该套SNP标记组合对玉米材料进行检测，更精准、高效。在DNA质量满足一般KASP反应(或常规PCR反应)需求的情况下，检测的准确度和分辨率均很高，检测效率是SSR标记的10‑20倍，检测成本与SSR标记相当，同时检测过程中无需使用丙烯酰胺等有毒化学试剂。此外，反应体系构建可实现自动化，将导出的数据输入计算机软件，可以实现一键分析。真正实现了高通量、低成本、自动化安全检测。

技术领域

本发明涉及分子生物学及植物分子育种领域，具体地说，涉及一种基于KASP技术开发的玉米核心SNP标记及其应用。

背景技术

玉米纯度鉴定和品种区分是育种过程中的重要环节，同时也是玉米种子质量控制体系中的关键环节。目前玉米纯度鉴定和品种区分方法有形态鉴定、种子贮藏蛋白质电泳技术和DNA分子标记技术等。其中，简单重复序列(Simple Sequence Repeats,SSR)标记具有多态性高、遗传上呈共显性和对参考序列要求较低等优点，因此根据上述技术制定的相关技术标准得到了广泛应用。随着分子生物学技术的发展，各育种企事业单位对分子标记辅助选择的需求日益迫切，而SSR标记基因组分布不够丰富以及需进行复杂的聚丙烯酰胺凝胶电泳检测等问题逐渐凸显，很难实现高通量低成本的分子标记辅助选择。

竞争性等位基因PCR(kompetitive allele specific PCR，KASP)是一种基于荧光检测的基因分型技术。该技术现阶段主要被应用于SNP或InDel基因分型研究中，正逐渐成为分子辅助育种、性状基因的精细定位以及种子资源鉴定的主要技术手段。

Hao Hu等在《Evaluating information content of SNPs for sample-taggingin resequencing projects》中，从SNP信息熵的角度提出了一种挑选SNP标记用来区分人类个体的方法，并用Perl语言开发了SNP_Tagger.pl。基于此方法，用低至60个SNP标记就可以区分当前世界上所有人类的个体，而仅通过30个SNP标记就足以标记区分多达10万个以上个体。在作物育种领域，目前尚未见到基于KASP技术的一组分子标记来进行玉米纯度鉴定和品种区分。

发明内容

本发明的目的是提供一种基于KASP技术开发的玉米核心SNP标记及其应用。

为了实现本发明目的，第一方面，本发明提供一种基于KASP技术开发的玉米核心SNP标记，包括22个核心SNP标记，编号分别为LP0009、LP0014、LP0033、LP0068、LP0189、LP0191、LP0209、LP0221、LP0227、LP0242、LP0328、LP0368、LP0376、LP0425、LP0620、LP0629、LP0729、LP0749、LP0782、LP0787、LP0800和LP0902，它们的信息如下：

表1 22个玉米核心SNP标记