[发明专利]数据压缩方法、数据解压方法、装置和计算机系统在审
| 申请号: | 201910612332.8 | 申请日: | 2019-07-08 |
| 公开(公告)号: | CN112202451A | 公开(公告)日: | 2021-01-08 |
| 发明(设计)人: | 杨文娴 | 申请(专利权)人: | 厦门极元科技有限公司 |
| 主分类号: | H03M7/30 | 分类号: | H03M7/30;G16B30/00 |
| 代理公司: | 中科专利商标代理有限责任公司 11021 | 代理人: | 葛琪妮 |
| 地址: | 361005 福建省厦门市思*** | 国省代码: | 福建;35 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 数据压缩 方法 数据 解压 装置 计算机系统 | ||
1.一种数据压缩方法,包括:
获取测序数据中的质量值序列;
获取所述质量值序列中的任一质量值的优先级分数,所述优先级分数表征所述任一质量值对于与所述测序数据相关的基因型的影响程度;
基于所述优先级分数对所述任一质量值的比特平面进行位移,得到更新的质量值序列;以及
基于比特平面编码算法对所述更新的质量值序列进行编码,得到所述质量值序列的压缩比特流。
2.根据权利要求1所述的方法,其中,所述获取所述质量值序列中的任一质量值的优先级分数包括:
为所述任一质量值设置第一偏差量和第二偏差量;
在所述任一质量值增加所述第一偏差量的情况下,计算与所述测序数据相关的基因型的第一概率;
在所述任一质量值减少所述第二偏差量的情况下,计算与所述测序数据相关的基因型的第二概率;以及
基于所述第一偏差量、所述第二偏差量、所述第一概率和所述第二概率,得到所述任一质量值的优先级分数。
3.根据权利要求2所述的方法,其中,所述计算与所述测序数据相关的基因型的第一概率和所述计算与所述测序数据相关的基因型的第二概率包括:基于贝叶斯算法计算与所述测序数据相关的基因型的后验概率。
4.根据权利要求2所述的方法,其中,所述得到所述任一质量值的优先级分数包括:
计算所述第一概率和所述第二概率之间的第三偏差量;
将所述第一偏差量和所述第二偏差量之和作为第四偏差量;以及
基于所述第三偏差量和所述第四偏差量的比值,得到所述任一质量值的优先级分数。
5.根据权利要求2所述的方法,其中,所述计算与所述测序数据相关的基因型的第一概率和所述计算与所述测序数据相关的基因型的第二概率包括:当与所述测序数据相关的基因型包括多个基因型时,分别计算所述多个基因型中的任一基因型的第一概率和第二概率;
所述得到所述任一质量值的优先级分数包括:
计算所述任一基因型的第一概率和第二概率之间的第三偏差量;
将所述第一偏差量和所述第二偏差量之和作为第四偏差量;以及
基于与所述多个基因型中的各基因型对应的第三偏差量的均值与所述第四偏差量的比值得到所述任一质量值的优先级分数,或者,当与所述任一基因型对应的第三偏差量大于与所述多个基因型中的其他基因型对应的第三偏差量时,基于与所述任一基因型对应的第三偏差量与所述第四偏差量的比值得到所述任一质量值的优先级分数。
6.根据权利要求1所述的方法,其中,所述基于所述优先级分数对所述任一质量值的比特平面进行位移包括:
当所述优先级分数小于等于零时,确定位移量为0;
当所述优先级分数大于零小于第一数值时,确定所述位移量为所述优先级分数的取整结果;
当所述优先级分数大于等于所述第一数值时,确定所述位移量为所述第一数值;以及
将所述任一质量值的比特平面移动所述位移量,得到所述更新的质量值序列。
7.根据权利要求1所述的方法,其中,所述测序数据包括按照预定顺序排列的多个短读长序列,所述短读长序列包括多个质量值,所述多个短读长序列中的质量值构成所述质量值序列。
8.根据权利要求7所述的方法,还包括:
在基于所述优先级分数对所述任一质量值的比特平面进行位移之前,
根据所述任一质量值的属性信息为所述任一质量值划分区间,所述属性信息包括如下至少一项:所述任一质量值所在的短读长序列的比对方向是正向比对或反向比对,所述任一质量值所在的短读长序列是第一条序列或第二条序列,以及,所述任一质量值在其所在的短读长序列上的位置;以及
对于任一区间内的任一质量值,基于预定映射规则将所述任一质量值映射为更新质量值,使得所述任一区间内的最大更新质量值小于等于所述任一区间内的最大质量值;
则所述基于所述优先级分数对所述任一质量值的比特平面进行位移包括:基于所述优先级分数对所述更新质量值的比特平面进行位移。
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