[发明专利]一个水稻苗期耐盐新基因簇qST12Pokkali

说明书

本发明公开了一个水稻苗期耐盐新基因簇qST12^Pokkali及应用，位于水稻基因组第12染色体4.19–5.03Mbp的区间内，来源于耐盐品种Pokkali的等位基因可以提高水稻苗期耐盐水平，在IR29/Pokkali的RIL群体中耐盐基因簇的3个耐盐基因可分别解释12.8％、14.8％和10.2％的苗期叶片盐害级别、地上茎叶钠离子浓度和地上茎叶钾钠离子浓度比的变异，并获得了紧密连锁的遗传标记RM7619，有望用于新基因水稻耐盐基因簇qST12^Pokkali的标记辅助选择育种。

技术领域

本发明涉及一个水稻苗期耐盐新基因簇qST12^Pokkali及应用。

背景技术

水稻是一种中度盐敏感作物，日益加重的土壤盐渍化已经成为制约水稻生产的重要因素。培育适宜于盐碱地种植的水稻耐盐新品种是提高水稻种植面积和产量的有效方法。分子遗传学研究表明，水稻耐盐性是多种耐盐生理生化反应的综合表现，是由多个基因控制的数量性状。

大量研究表明，水稻对盐胁迫的耐性在不同生长发育时期有所不同。其中，幼苗期和生殖生长期是两个盐敏感时期，而种子萌发期和营养生长期植株耐盐性相对较强。因此，大多数研究是针对水稻幼苗期和生殖生长期耐盐性来进行QTL分析的，常用的永久性群体以重组自交系(recombinant inbred lines，RILs)和渐渗系(introgression lines，ILs)为主。迄今为止，已有大量控制水稻耐盐的QTL被鉴定出来，分布于水稻的12条染色体上，其中苗期的耐盐QTL数量约占50％。由于水稻耐盐的复杂性，如此庞大数量的耐盐QTL中已被精细定位或克隆出的QTL数量极少。SKC1是一个位于1号染色体上的第一个被克隆的控制地上部K⁺含量的主效QTL，其编码一个HKT家族的离子转运蛋白，能将地上部过量的Na⁺转运回根部，提高水稻耐盐性。Saltol是利用Pokkali/IR29的重组自交系检测到一个控制水稻 Na⁺、K⁺含量的主效QTL，精细定位却发现Saltol与SKC1的位置十分接近，都能调控盐胁迫下水稻植株的K⁺/Na⁺平衡，故推测Saltol与qSKC1可能编码同一基因，目前Saltol的 MAS育种大大推动了水稻耐盐新品种的培育。DST基因是利用水稻突变体中克隆的一个基因编码C₂H₂型单锌指蛋白的耐盐基因，其通过直接调控H₂O₂平衡相关基因来控制气孔关闭，从而增强水稻的耐盐性。最近，一个高盐胁迫下控制水稻种子快速萌发和幼苗建成的候选基因qSE3(编码钾离子转运蛋白OsHAK21)，被发现在盐胁迫下促进水稻种子萌发过程中 ABA积累和ABA信号通路基因表达，从而提高种子萌发过程中的耐盐特性。除此之外，通过反向遗传学方法得到的耐盐基因有SNAC1、SNAC2、NAP、ZFP252、ZFP182等。这些基因的定位和克隆有助于我们了解水稻耐盐形成的遗传基础，但其真正在育种实践中成功应用的事例仍十分有限。

发明内容

本发明所要解决的技术问题为：如何提供一个水稻苗期耐盐新基因簇qST12^Pokkali及其分子标记方法。

本发明的技术方案为：

水稻苗期耐盐新基因簇qST12^Pokkali，位于水稻基因组第12染色体4.19–5.03Mbp的区间内，该位点的Pokkali等位基因能够显著提高水稻苗期耐盐水平。