[发明专利]用于检测SYT-SSX融合基因的引物、试剂盒和方法

说明书

本发明公开了用于检测SYT‑SSX融合基因的引物、试剂盒和检测方法，包括检测SYT‑SSX1或SYT‑SSX2融合基因的引物及探针和检测内参基因的引物及探针。与直接测序等技术相比，本发明用于SYT‑SSX融合基因检测特异性强、灵敏度高，操作简单快速、高通量、判读结果可靠，简便等优势。

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，具体涉及一种用于SYT-SSX融合基因检测的ARMS-qPCR引物、试剂盒和方法，能快速、灵敏、准确的检测SYT-SSX融合基因。

背景技术

滑膜肉瘤是较常见的软组织恶性肿瘤，占软组织肉瘤的5％-10％。组织学类型分4种：单相型、双相型、单相上皮型和低分化型[1]。滑膜肉瘤形态变化复杂，需要依靠多处取材并找到肿瘤双相分化的特征方可确诊。滑膜肉瘤的典型病例如青壮年患者，发生于四肢大关节附近的肿瘤，X射线检查见不同程度的钙化，结合切片发现肿瘤具有双相分化的特征，确诊并不困难。但一些发生于老年患者及少见部位的滑膜肉瘤如肾、颅底、胸大肌等处，如果肿瘤的上皮样分化不明显，则诊断较为困难。因此，需要一种简单又可靠的方法来诊断滑膜肉瘤。文献报道90％以上的滑膜肉瘤存在特殊的染色体异常t(x；18)(p11.2,q11.2)，导致18号染色体上SYT基因融合到X染色体SSX基因，形成SYT-SSX融合基因[2]。在非滑膜肉瘤组织中，则检测不到该融合基因的转录。因此，SYT-SSX融合基因对滑膜肉瘤来说具有特异性，检测它们的mRNA可作为滑膜肉瘤的诊断指标。由于X染色的断裂点不同，融合基因的主要型别分为SYT-SSX1型和SYT-SSX2型[3]。研究表明SYT-SSX融合基因可能与肿瘤生长和进展有密切联系，SYT-SSX1型比SYT-SSX2的预后差，它们也可用于检测患者病情的发展及预后。

在实际应用中，用于融合基因的方法有很多，如RT-PCR、northern blot等。本项目采用时下最流行的实时荧光定量PCR检测SYT-SSX mRNA表达水平。实时荧光定量PCR具有较高的灵敏度和特异性，而且能对PCR进行实时在线检测，反应融合基因在样本中的有无及初始含量，试验节约了大量的检测时间，还避免了遗留污染的发生。常见的方法有SYBRGreenI染料法,双探针杂交法以及Taqman技术等。其中SYBR GreenI由于是非饱和染料，特异性不如双探针杂交法以及Taqman法，必须通过观察溶解曲线来判断其特异性；而双探针法杂交法成本又较为昂贵。因此本研究采用实时荧光PCR技术结合Taqman探针应用于SYT-SSX融合基因检测。此外，在计算方法上采用双标曲，采用此算法不仅对各样本浓度没有特殊要求(各样本的mRNA浓度需调整一致)，而且曲线的斜率也可进一步校正扩增造成的误差。

发明内容

为了克服现有技术中的上述缺陷，本发明提供了一种用于检测SYT-SSX融合基因的引物，其特征在于，所述引物包括：

(1)检测SYT-SSX1或SYT-SSX2融合基因的引物及探针，其碱基序列为：

SYT-SSX-F：5’-CACCACAGCCACCCCAGC-3’

SYT-SSX-TaqMan：5’-FAM ACCAGATCATGCCCAAGAAGCCAGC-TAMRA-3’；

SSX1-R：5’-CACTCCCTTCGAATCATTTTCG-3’；

SSX2-R：5’-CACTTCCTCCGAATCATTTCCT-3’；

(2)检测内参基因的引物及探针，其碱基序列为：

Actin-F：5’-TGAGCGAGGCTACAGCTT-3’；

Actin-R：5’-TCCTTGATGTCGCGCACGATTT-3’；

Actin-Probe：5’-FAM-ACCACCACGGCCGAGCCC-TAMRA-3’。