[发明专利]一种影响猪肌纤维密度的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明涉及一种影响猪肌纤维密度的SNP分子标记及其应用。所述的影响猪肌纤维密度的SNP分子标记的SNP位点对应于国际猪的参考基因组Sscrofa11.1版本6号染色体上自5′末端起第19658063bp处。本发明还提供一种用于鉴定上述SNP分子标记的引物，通过该分子标记及引物，可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，通过优选该SNP分子标记的优势等位基因，能够选择猪肌纤维密度性状的遗传进展，从而有效提高种猪育种的经济效益。

技术领域

本发明涉及生物育种技术领域，尤其是提供一种影响猪肌纤维密度的SNP分子标记及其应用。

背景技术

猪肉质品质是猪的重要经济性状，它与人们的肉食营养、肉食品加工和养猪业经济效益都密切相关。影响猪肉质主要因素的肌纤维密度也愈来愈受到研究者和育种者们的关注，成为猪育种计划的一部分。

分子育种可以通过筛选与性状关联分子标记进行育种工作，避免屠宰。现有技术也有对猪肉肌纤维密度QTL进行定位分析，将这性状QTL定位于6号染色体上139.1-153.9Mb区间内，此区间内的脱氧核糖核酸在1400万个以上，由于脱氧核糖核酸数量太多导致针对此区间开展脱氧核糖核酸变异的检测十分困难。此区间内与猪肌纤维密度显著关联的SNP的报道几乎未见。

发明内容

本发明为了克服现有技术中筛选检测与猪肌纤维密度性状关联的QTL定位于6号染色体上139.1-153.9Mb区间脱氧核糖核酸过多，从其中筛选可作为分子标记的SNP难度很大的不足，提供一种影响猪肌纤维密度的更加便捷，高效的SNP分子标记。

本发明的另一目的在于提供上述影响猪肌纤维密度大小的SNP分子标记在猪肌纤维密度筛查检测和猪育种中的应用。

本发明的再一目的在于提供一种用于测定上述影响猪肌纤维密度的SNP分子标记的引物。

本发明的第四个目的在于提供一种检测猪肌纤维密度的方法。

本发明的第五个目的在于提供一种猪的遗传改良的方法。

本发明的目的通过下述技术方案实现：

一种影响猪肌纤维密度的SNP分子标记，其SNP位点对应于国际猪参考基因组Sscrofa11.1版本6号染色体上自5′末端起第19658063bp处的CT突变，猪参考基因组Sscrofa11.1版本为GenBank中更新于2017年2月的猪参考基因组序列。

所述的影响猪肌纤维密度的SNP分子标记在检测猪肌纤维密度和育种中的应用。选择上述位点碱基为T的个体，可以获得肌纤维密度更大的猪。

优选的猪为大民杂交猪。

一种用于检测上述影响猪肌纤维密度的SNP分子标记的引物，包含上游引物PCR-F和下游引物PCR-R；

上游引物PCR-F：5’-TGTCAACCAGAAGGCGTAAGTG-3’；

下游引物PCR-R：5’-AAAGATAACAGCGGGCAAGGT-3’。

所述的用于检测影响猪肌纤维密度的SNP分子标记的引物在测定猪肌纤维密度和猪育种中的应用。

优选的猪为大民杂交猪。

一种检测猪肌纤维密度的方法，包含如下步骤：以待测猪的基因组DNA为模板，加入引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物，检测待测猪的PCR扩增产物，如果PCR扩增产物自5’末端起第283位的碱基为T，则所述猪的基因型为TT基因型，如果PCR扩增产物自5’末端起第283位的碱基为C和T，则所述猪的基因型为CT基因型，如果PCR扩增产物自5’末端起第283位的碱基为C，则所述猪的基因型为CC基因型。