[发明专利]一种基于液相捕获杂交处理前的混样方法在审

专利信息
申请号: 201910515833.4 申请日: 2019-06-14
公开(公告)号: CN110283884A 公开(公告)日: 2019-09-27
发明(设计)人: 童云广;徐鹭芹 申请(专利权)人: 奥明(杭州)基因科技有限公司
主分类号: C12Q1/6806 分类号: C12Q1/6806
代理公司: 杭州知见专利代理有限公司 33295 代理人: 赵越剑
地址: 310018 浙江省杭州市江干区杭州经济技术开*** 国省代码: 浙江;33
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摘要:
搜索关键词: 混样 样本类型 捕获 样本 杂交 外周血白细胞 分配平衡 石蜡切片 实验流程 细胞沉淀 细胞株系 新鲜组织 游离核酸 杂交数据 自由调整 进样量 起始量 胸腹水 测序 探针 文库 节约 科研 优化 保证
【权利要求书】:

1.一种基于液相捕获杂交处理前的混样方法,其特征在于:针对不同样本起始量、样本类型、探针集大小采取如下处理:

①针对游离核酸样本:核酸建库起始量为5ng~50ng,探针集大小20k~5M;

②针对石蜡切片组织及新鲜组织样本:核酸建库起始量为10ng~500ng,探针集大小1k~50M;

③针对细胞株系、外周血白细胞及胸腹水细胞沉淀样本:核酸建库起始量为10ng~500ng,探针集大小1k~50M。

2.根据权利要求1所述的一种基于液相捕获杂交处理前的混样方法,其特征在于:相同样本类型文库池DNA混合方案:

文库扩增比例(Xi)=扩增并纯化后文库DNA总量/打断前DNA样本进入量,文库平均扩增比例

样本类型:相同样本类型,文库扩增比例:文库进入量系数:1;

样本类型:相同样本类型,文库扩增比例:文库进入量系数:

3.根据权利要求1所述的一种基于液相捕获杂交处理前的混样方法,其特征在于:针对20k≦探针集大小﹤1M的探针集,不同种样本类型文库池混合数量方案:

样本类型:游离核酸;每个文库池混样量(ng):≥150N;混样个数:X1≤12;

样本类型:新鲜组织;每个文库池混样量(ng):≥50N;混样个数:X2≤20;

样本类型:石蜡切片组织;每个文库池混样量(ng):≥100N;混样个数:X3≤20;

样本类型:细胞株系、外周血白细胞、胸腹水细胞沉淀;每个文库池混样量(ng):≥60N;

混样个数:X4≤20;

其中,1000ng≤150N*X1+50N*X2+100N*X3+60N*X4≤2000ng,其中X1≤12,X2≤20,X3≤20,X4≤20,X1+X2+X3+X4≤20,N为等比例放大缩小倍数。

4.根据权利要求1所述的一种基于液相捕获杂交处理前的混样方法,其特征在于:针对1M≦探针集大小﹤5M的探针集,不同种样本类型文库池混合数量方案:

样本类型:游离核酸;每个文库池混样量(ng):≥300N;混样个数:X1≤8;

样本类型:新鲜组织;每个文库池混样量(ng):≥100N;混样个数:X2≤20;

样本类型:石蜡切片组织;每个文库池混样量(ng):≥200N;混样个数:X3≤12;

样本类型:细胞株系、外周血白细胞、胸腹水细胞沉淀;每个文库池混样量(ng):≥150N;混样个数:X4≤16;

其中,1000ng≤300N*X1+100N*X2+200N*X3+150N*X4≤2400ng,其中X1≤8,X2≤20,X3≤12,X4≤16,X1+X2+X3+X4≤20,N为等比例放大缩小倍数。

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