[发明专利]一种用于乳腺癌诊断及预后的标志物以及其获得方法在审
| 申请号: | 201910466456.X | 申请日: | 2019-05-31 |
| 公开(公告)号: | CN110218792A | 公开(公告)日: | 2019-09-10 |
| 发明(设计)人: | 严枫;莫冬萍 | 申请(专利权)人: | 江苏省肿瘤医院 |
| 主分类号: | C12Q1/6886 | 分类号: | C12Q1/6886;C12N15/11 |
| 代理公司: | 成都瑞创华盛知识产权代理事务所(特殊普通合伙) 51270 | 代理人: | 邓瑞;辜强 |
| 地址: | 210009*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 标志物 乳腺癌诊断 交集 基因 预后 靶基因 荧光素酶报告基因检测 相对表达量 细胞 调控通路 分析判断 理论实验 通路分析 种子区域 作用机制 创新性 基因组 模拟物 新分子 负向 富集 转染 数据库 筛选 验证 检测 预测 源头 分析 | ||
1.一种用于乳腺癌诊断及预后的标志物,其特征在于,该标志物为5′-tiRNAVal。
2.一种用于乳腺癌诊断及预后的标志物的获得方法,其特征在于,该方法包括:
(1)预测靶基因:通过基因本体功能富集分析、京都基因与基因组百科全书通路分析以及将GO、KEGG Pathway数据库进行交集比较找到交集基因;
(2)靶基因筛选及验证:
(21)通过分析判断得到前述交集基因存在互补结合5′-tiRNAVal种子区域的MER;
(22)通过检测转染5′-tiRNAVal模拟物后MDA-MB-231和MCF-7两株细胞中基因的相对表达量,找到FZD3在两株细胞中显著降低;
(23)通过荧光素酶报告基因检测,得到5′-tiRNAVal是与FZD3的3′-UTR结合。
3.根据权利要求2所述的用于乳腺癌诊断及预后的标志物的获得方法,其特征在于,步骤(1)具体包括:通过基因本体功能富集分析显示5′-tiRNAVal作用的靶标基因功能显著富集的GO主要分布在生物过程类别,细胞成分和分子功能分类;通过京都基因与基因组百科全书通路分析显示,17种生物学途径在乳腺癌组织中显著改变,涉及Wnt、mTOR、VEGF、P53信号通路;GO和KEGG Pathway中有显著差异的共同交集的是Axon guidance功能通路,选取相交的10条基因,再次与KEGG Pathway数据库中癌症通路Pathways in cancer相交,交集基因4条:FZD3、PIK3CB、PRKCA、PTCH1。
4.根据权利要求2所述的用于乳腺癌诊断及预后的标志物的获得方法,其特征在于,步骤(21)具体为通过microRNA.org、TargetScan分析判断得到前述交集基因存在互补结合5′-tiRNAVal种子区域的MER。
5.根据权利要求2所述的用于乳腺癌诊断及预后的标志物的获得方法,其特征在于,5′-tiRNAVal通过结合FZD3负向调控Wnt/β-catenin信号通路进而影响乳腺癌的进展。
6.根据权利要求5所述的用于乳腺癌诊断及预后的标志物的获得方法,其特征在于,5′-tiRNAVal使MDA-MB-231和MCF-7细胞株中FZD3、β-catenin、c-Myc以及cyclinD1的蛋白水平降低,APC蛋白水平升高。
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