[发明专利]外周血中癌症检测的核糖体DNA甲基化标记物及其应用

权利要求书

1.标记物在制备癌症诊断试剂盒中的用途，其特征在于，标记物包括以下CpG位点：

以人核糖体DNA重复片段单元参考序列U13369.1为基准，第38974，37148，37013，37028，37076，和32936位置处的CpG位点或者经修饰的CpG位点。

2.根据权利要求1所述的用途，其特征在于，以人核糖体DNA重复片段单元参考序列U13369.1为基准，所述标记物进一步包括以下CpG位点中的至少一个：

21740，23407，34657，28277，38982，21695，19811，32927，32906，32920，36988，32964，30940，19819，39004，31075，38940，19843，18745，33830，31663，21709，23623，30639，32931，18727，37206，38980，21309，30630，18737，38596，30647，37072，37162，30936，33838，36193，36218，34719，40812，37088，15596，22970，18200，19952，14972，21194，23926以及第24167，36996，37361，37178， 39913， 30789，37020，36832，34428或者34805位置处的CpG位点或者经修饰的CpG位点的至少一个。

3.根据权利要求1所述的用途，其特征在于，以人核糖体DNA重复片段单元参考序列U13369.1为基准，所述标记物进一步包括第21740，23407，34657，28277位置处的CpG位点或者经修饰的CpG位点中的至少一个。

4.根据权利要求1所述的用途，其特征在于，以人核糖体DNA重复片段单元参考序列U13369.1为基准，所述标记物进一步包括：第21740，23407，34657，28277位置处的CpG位点或者经修饰的CpG位点中的至少两个。

5.根据权利要求1所述的用途，其特征在于，所述经修饰的CpG位点包括5-甲基化修饰或者5-羟甲基化修饰。

6.根据权利要求1所述的用途，其特征在于，进一步包括引物序列，所述引物序列以所述标记物所在核苷酸序列为靶序列，用于靶序列的特异性扩增。

7.根据权利要求1所述的用途，其特征在于，进一步包括探针，所述探针游离于溶液中或者固定于芯片上，所述探针能够特异性捕获权利要求1~5任一所述标记物所在的核苷酸序列。

8.根据权利要求1所述的用途，其特征在于，所述癌症包括肝癌、肺癌、结直肠癌、乳腺癌、鼻咽癌和/或头颈癌。

9.一种确定待测样本中目标位点甲基化的方法，所述目标位点为权利要求1~5中任一所述标记物中的CpG位点的组合，所述方法用于非疾病诊断目的，所述方法包括：

（1）对所述待测样本外周血中的游离DNA进行转化处理，使得未发生甲基化的胞嘧啶转化为胸腺嘧啶，获得转化处理的样本；

（2）基于所述转化处理的样本，构建测序文库，测序获得测序数据；

（3）将所述测序数据与参考序列进行比对，基于比对结果确定所述测序数据中目标位点的甲基化结果。

10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，所述参考序列为人核糖体DNA重复片段单元参考序列U13369.1。

11.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，所述测序是通过第二代测序方法或第三代测序方法进行的。

12.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，所述测序是通过选自Hiseq2000、SOliD、454和单分子测序装置的至少一种进行的。