[发明专利]一种测序文库的构建方法及其应用在审
| 申请号: | 201910394932.1 | 申请日: | 2019-05-13 |
| 公开(公告)号: | CN111926393A | 公开(公告)日: | 2020-11-13 |
| 发明(设计)人: | 史泓杰;冯建龙;叶立;张利民;陈大飞;倪志伟;姜伟;张飞;陈豫;周祯祯;吴昕 | 申请(专利权)人: | 苏州金唯智生物科技有限公司 |
| 主分类号: | C40B50/06 | 分类号: | C40B50/06;C12Q1/6869 |
| 代理公司: | 北京品源专利代理有限公司 11332 | 代理人: | 巩克栋 |
| 地址: | 215123 江苏省苏州市*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 一种 序文 构建 方法 及其 应用 | ||
1.一种测序文库的构建方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:
(1)将M个待测序样本分别转入感受态细菌,划线过夜培养;
(2)从每个待测序样本的感受态细菌中分别挑取N个菌落,进行单独培养;
(3)将包含不同待测序样本的菌液混合,形成N份混合菌液,每份混合菌液中包含M种待测序样本的感受态细菌;
(4)对N份混合菌液分别提取质粒,线性化酶切;
(5)向N份线性化混合质粒添加不同的标签序列,混合后得到测序文库;
其中,M和N为正整数。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,步骤(1)所述待测序样本包括合成的基因片段;
优选地,所述基因片段的长度为500-10000bp,优选为4000-6000bp;
优选地,步骤(2)所述培养在96孔板中进行。
3.根据权利要求1或2所述的方法,其特征在于,步骤(4)所述酶切采用限制性内切酶进行。
4.根据权利要求1-3任一项所述的方法,其特征在于,在步骤(5)之前还包括对线性化酶切质粒进行修复的步骤;
优选地,所述修复包括损伤修复和/或末端修复;
优选地,步骤(5)所述标签序列通过DNA连接酶连接在线性化质粒的两端;
优选地,在步骤(5)之后还包括对文库进行回收纯化的步骤;
优选地,所述回收纯化包括采用磁珠回收后,再用核酸酶消化未连接标签序列的DNA。
5.根据权利要求1-4任一项所述的方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:
(1)将M个待验证的长度为500-10000bp合成的基因片段分别转入感受态细菌,划线过夜培养;
(2)从每个待测序样本的感受态细菌中分别挑取N个菌落,单独培养在96孔板的同一列中;
(3)将96孔板中同一行的包含不同待测序样本的菌液混合,形成N份混合菌液,每份混合菌液中包含M种待测序样本的感受态细菌;
(4)对N份混合菌液分别提取质粒,采用限制性内切酶进行线性化酶切,修复后得到完整双链的质粒DNA;
(5)采用DNA连接酶向N份线性化混合质粒添加不同的标签序列,混合后用磁珠回收一次,再用核酸酶消化未连接标签序列的DNA,得到测序文库;
其中,M和N为正整数。
6.一种基于三代测序的测序验证方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:
(1’)采用如权利要求1-5任一项所述的方法进行文库构建;
(2’)对构建的文库进行浓度和分布范围的检测;
(3’)三代测序;
(4’)结果分析。
7.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,步骤(3’)所述三代测序包括Pacbio单分子荧光测序和/或纳米孔测序,优选为Pacbio单分子荧光测序;
优选地,步骤(4’)所述结果分析包括:
根据标签序列和待测序样本的保守序列拆分测序结果;
去除低丰度CCS序列;
将测序结果与参考序列进行比对。
8.一种基因合成方法,其特征在于,所述方法包括将合成的基因片段采用如权利要求6或7所述的方法进行测序验证的步骤。
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