[发明专利]一种面向SSD的基因对比方法及系统

权利要求书

1.一种面向SSD的基因对比方法，其特征在于，所述方法包括：

获取第一DNA片段和第二DNA片段，在SSD中对两个DNA片段进行对齐处理，获取DNA片段的数据，确定N块连续空闲的物理块；所述DNA片段包括第一DNA片段和第二DNA片段；

对于第n个物理块，n的初始值为1，n为小于或等于N的正整数，将DNA片段的数据放入第n个物理块，确认第n个物理块是否被放满，若未被放满则代表数据放置完毕，记录下最后一块物理块页数num_final_page；计算总物理页数num_total_page，将DNAid、N、num_total_page这三个数据形成一个节点放在链表DNAinfo的尾部，若第n个物理块被放满，则令n＝n+1，回执行所述将DNA片段的数据放入第n个物理块，确认第n个物理块是否被放满的步骤

从SSD中读取所述两个DNA片段的数据，根据所述两个DNA片段的数据及预设的精度参数确定对比参数，具体包括：

从链表DNAinfo中找到第一DNA片段的节点及第二DNA片段的节点，将第一DNA片段的节点及第二DNA片段的数据读取到内存，并计算第一DNA片段及第二DNA片段的大小dna_a_length、dna_b_length，

比较所述两个DNA片段大小，得到最小值dna_min_length；

确定精度参数scale_1、scale_2、scale_3得到起始比较次数compare_times，以下用C表示，

其中compare_times＝dna_min_length*scale_1，

dna_length＝num_total_page*每页的大小，

精度参数scale_1、scale_2、scale_3在0-1之间；

基于对比参数，对所述两个DNA片段进行递进式对比，得到对比结果，具体包括：

从[0,dna_min_length]中等概率选出C个位置，dna_min_length为所述两个DNA片段大小的较小值，分别将两个DNA片段上的C个位置上的数据逐一对比，得到相同个数count；

若count＜C*scale_2则两个DNA片段相似度低于阈值；

若count≥C*scale_2则将compare_times调整为2倍，若2C≤dna_min_length*scale_3则说明这两个DNA相似度达到阈值；若2C＞dna_min_length*scale_3,则回执行所述从[0,dna_min_length]中等概率选出C个位置，dna_min_length为所述两个DNA片段大小的较小值，分别将两个DNA片段上的C个位置上的数据逐一对比，得到相同个数count的步骤。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：

若结果高于或等于相似度阈值则进行编辑距离计算以得到精确结果；若结果低于相似度阈值则无需进行编辑距离计算。