[发明专利]一种与罗氏沼虾体质量相关SSR标记

说明书

本发明提供一种罗氏沼虾体质量相关SSR标记，其中检测MR34标记的引物对，其上游引物的序列为SEQ ID NO:1，下游引物的序列为SEQ ID NO:2；检测标记MR45的引物对，其上游引物的序列为SEQ ID NO:3，下游引物的序列为SEQ ID NO:4。本发明筛选获得的罗氏沼虾体质量相关SSR标记是从转录组数据中筛选得到的多态性位点，与功能基因相关，可为后续与生长性状关联分析、遗传图谱构建，QTL定位等提供有力支持。

技术领域

本发明属于罗氏沼虾育种技术领域，具体涉及一种罗氏沼虾体质量相关SSR标记。

背景技术

罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)由于食性广、病害少、生长快、营养价值高，因此具有重要的经济价值，它是世界上许多地区内陆水产养殖中重要的经济甲壳动物之一。中国于1976年从日本引进该虾，经40多年的发展，中国罗氏沼虾产业处于世界第一，据不完全统计，至2018年，中国苗种年生产量达到300亿尾，养殖面积超过3万公顷，总产量超过15万吨。产业的稳定快速发展得益于中国罗氏沼虾育种项目的开展及选育良种的产业化推广，浙江省淡水水产研究所自2006年开始运用BLUP育种技术，经过连续4年的家系选育，2009年，获得了第一个经中国水产原种和良种审定委员会审定通过的罗氏沼虾选育新品种“南太湖2号”(品种登记号：GS-01-001-2009)，经遗传改良后，罗氏沼虾“南太湖2号”的生长速度和成活率显著提高，与商业苗种相比生长速度提高36.87％，成活率提高7.76％。

然而，传统的选择育种是基于性状表型值进行选育，育种周期长、效率低，随着现代分子生物学技术的发展，分子标记辅助育种成为热点，该技术有效地克服了常规育种过程中所采用的形态学标记存在数目少、受环境影响较大、不易直接选择等缺点，从而可加速育种进程，提高育种效率，缩短育种年限。

微卫星(microsatellites)又称简单重复序列(simple sequence repeats，SSR)，为第二代分子标记，具有多态性高、信息含量丰富、共显性遗传等有点，被广泛应用于水产动物的种质鉴定、遗传结构分析、遗传连锁图谱构建、QTL定位等方面。有关罗氏沼虾SSR相关的研究工作已有开展，但大多集中在群体遗传结构评估方面，目前尚未见运用SSR标记对罗氏沼虾生产性状进行关联分析的研究。

发明内容

本发明提供一种罗氏沼虾体质量相关SSR标记，通过对转录组中的SSR位点进行了多态性筛选，而后进行SSR标记与体质量关联分析，最终获得了与体质量相关的SSR标记，为今后开展罗氏沼虾的分子标记辅助育种打下基础。

本发明首先提供一种与罗氏沼虾体质量相关的SSR标记，分子标记命名为MR34或MR45；

其中检测MR34标记的引物对，其中：

上游引物序列如下：5′-TCCTGGTTTCTGTGGCCTTA-3′(SEQ ID NO:1)，

下游引物序列为5′-TCGAGGTCATTTCCACTTCC-3′(SEQ ID NO:2)；

检测标记MR45的引物对，其中：

上游引物序列为5′-AGGCTACGACATCATCCCAC-3′(SEQ ID NO:3)；

下游引物序列为5′-TGCGCAAACATACAAACCAT-3′(SEQ ID NO:4)。

本发明所提供的SSR标记用于筛选罗氏沼虾；

本发明再一个方面是提供一种筛选高体质量罗氏沼虾的方法，是通过检测待筛选个体中MR34标记的基因型是否为210/214；MR45标记的基因型是否为174/190来实现的。

所述的方法，是通过PCR引物进行扩增后，再对扩增产物进行测序后，对基因型进行分析完成的。