[发明专利]肿瘤突变负荷检测方法、装置和存储介质

权利要求书

1.一种肿瘤突变负荷检测方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：

获取单个测试样本的突变频率数据，所述突变频率数据包括该样本目标区域的位点突变频率，将所述位点突变频率与设定的位点突变频率阈值进行比较，得到位点突变频率大于所述位点突变频率阈值的单核苷酸变异，并去除所述单核苷酸变异中的无义突变得到有效单核苷酸变异个数；

获取单个测试样本的Indel突变频率数据，所述Indel突变频率数据包括该样本目标区域的Indel突变频率，将所述Indel突变频率与设定的Indel突变频率阈值进行比较，得到Indel突变频率大于所述Indel突变频率阈值的Indel突变个数；

根据肿瘤突变负荷的估值公式计算肿瘤突变负荷的数值，其中所述估值公式包括所述有效单核苷酸变异个数的权重项和所述Indel突变个数的权重项。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述肿瘤突变负荷的估值公式如下：

S/100+sgn(I)

其中，S指所述有效单核苷酸变异个数，I指Indel突变个数，sgn()为符号函数，在I大于或等于个数阈值的情况下，sgn(I)输出值为1，否则输出值为0。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述个数阈值为2。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述测试样本的位点突变频率是根据所述测试样本的测序深度进行校正得到的校正位点突变频率。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述校正位点突变频率通过如下公式得到：

θ_adj＝θ_j×T(min(l，D_j/D_limit)，α，β)；

其中，θ_adj为在当前位点的校正位点突变频率，θ_j为在当前位点实际观测的位点突变频率，T 是以α和β为形状参数的Beta分布的累计概率分布函数，D_j为所述测试样本在当前位点的实际测序深度，D_limit为设定的最低校正测序深度。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述位点突变频率阈值通过如下方法确定：

获取一组训练样本的ACGT格式文件，该ACGT格式文件包含目标区域中每个位点的位置信息、测序深度信息和突变到任意其它三种非参考碱基的突变频率；

统计所有训练样本中每种三碱基突变的平均突变频率，并将其作为每种三碱基突变的先验突变频率；

从所有训练样本中提取每一位点的突变频率最大值，所述突变频率最大值满足的条件是，在同一个位点SNP的比例高于阈值p的次数在所有训练样本中至少出现设定次数n，若没有满足所述条件，该突变位点的突变频率被置换为该位点在所有训练样本中的突变频率平均值；将所得到的所述突变频率最大值或突变频率平均值乘以设定的系数值后得到的数值如果大于1，则将突变频率设为1，如果所述数值小于1，则突变频率取所述数值，然后将所述突变频率与先验突变频率进行加权，得到该突变位点的加权突变频率，作为位点后验突变频率；

求出所有训练样本在所述目标区域中各个位点的测序深度平均值；

将所述位点后验突变频率和所述测序深度平均值提供给TNER方法，在给定的显著性水平下得出所述位点突变频率阈值。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述阈值p是0.05，所述设定次数n是10，所述系数值是5，所述给定的显著性水平是0.001。