[发明专利]3种猪圆环病毒通用型PCR检测引物和检测方法

说明书

本发明提供3种猪圆环病毒通用型PCR检测引物和检测方法，属于动物病毒学领域。该通用型引物上游引物P1：5’‑AGCGAGTATTGCARKAAAGA‑3’，下游引物P2：5’‑CCATKRTAACCATCCCACCA‑3’。该引物组（P1和P2）对3种猪圆环病毒PCV1、PCV2和PCV3的扩增大小分别为344bp、344bp和347bp。本发明方法不仅能同时检测三种猪圆环病毒PCV1、PCV2和PCV3，还具有重复性好、特异性强、敏感性高的特点。

技术领域

本发明提供3种猪圆环病毒通用型PCR检测引物和检测方法，属于动物病毒学领域。

背景技术

猪圆环病毒（Porcine circovirus, PCV）是迄今发现的最小的动物病毒之一，当前猪圆环病毒有3种：PCV1、PCV2和PCV3。PCV1为非致病性的病毒；PCV2为致病性的病毒；PCV3的有无致病力好需要更进一步深入明确。研究发现，PCV2是断奶仔猪多系统衰竭综合征（Postweaning Multisystemic Wasting Syndrome, PMWS），皮炎与肾病综合征(PNDS)的主要病原。对PCV1和PCV2的基因组进行分析发现，PCV1基因组全长1759bp，PCV2全长1768bp（或1767 bp）。ORF1是PCV1和PCV2最大的开放阅读框（ORF），位于病毒基因组的5’端，编码病毒的复制蛋白（Rep），分子量大小为37KDa，与病毒的复制转录有关。

2016年，美国堪萨斯州立大学科研人员利用宏基因组测序技术，从患有皮炎肾病综合征（PDNS）和繁殖障碍母猪及其流产胎儿体内首次鉴定出一种新型猪圆环病毒，命名为猪圆环病毒3型（Porcine circovirus 3，PCV3）。流行病学调查发现PCV3感染多见于具有PDNS和繁殖障碍症状猪群，目前已于美国多个州猪群内普遍流行。随后，我国多个省市猪群中也检测出PCV3。近来，波兰和韩国相继报道存在PCV3感染猪群。作为一种新发现病原体，PCV3对猪致病性及在猪圆环病毒相关疾病（PCVAD）中作用以及现有商品化PCV2疫苗对其免疫效力等有待进一步研究。和PCV1、PCV2一样，PCV3病毒颗粒直径为17-20nm，核酸类型为单股DNA病毒，基因组长度为2000bp，包含有与复制相关的复制蛋白rep和与抗原相关的抗原蛋白cap。

当前，已见有PCV1和PCV2鉴别诊断的研究报道，也见有PCV2和PCV3鉴别诊断的报道，但当前尚未见一组可同时对3种猪圆环病毒类型（PCV1、PCV2和PCV3）的方法报道。一般而言，对三种或以上的病原进行同时PCR扩增均为困难，尤其三种核苷酸同源性低于80%，且基因组长度不同的病原进行检测，需要分别设计引物，再进行分别扩增。但上述建立的方法均是基于鉴别诊断而设计的，只能扩增出各自相应的病毒条带，没有通用型的PCR检测方法，本发明可填补上述研究空白。

发明内容

本发明的目的在于针对上述现有技术中的不足，提供了一种特异性强、敏感性高的三种猪圆环病毒通用型PCR检测引物及其检测方法。

为实现上述目的，采用以下技术方案:

3种猪圆环病毒通用型PCR检测引物，所述引物组其核苷酸序列如下所示：

上游引物P1：5’-AGCGAGTATTGCARKAAAGA -3’

下游引物P2：5’-CCATKRTAACCATCCCACCA -3’。

用于非诊断目的的3种猪圆环病毒的PCR检测方法，包含以下步骤：

（1）、从疑似临床样品中提取基因组DNA；

（2）、以提取的DNA为模板，用所述的引物P1和P2进行PCR扩增；

（3）、该组引物对PCV1、PCV2和PCV3均可有效扩增。

所述的引物在制备3种猪圆环病毒通用型PCR检测试剂盒上的应用。