[发明专利]一种检测巨细胞病毒(HCMV)的RCA方法在审
| 申请号: | 201910210882.7 | 申请日: | 2019-03-13 |
| 公开(公告)号: | CN109897915A | 公开(公告)日: | 2019-06-18 |
| 发明(设计)人: | 朱世新;朱玉华;石康 | 申请(专利权)人: | 湖北朗德医疗科技有限公司 |
| 主分类号: | C12Q1/70 | 分类号: | C12Q1/70;C12Q1/682;C12R1/93 |
| 代理公司: | 宜昌市三峡专利事务所 42103 | 代理人: | 成钢 |
| 地址: | 443000 湖北省宜昌市西*** | 国省代码: | 湖北;42 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 巨细胞病毒 锁式探针 种检测 扩增 琼脂糖凝胶电泳 放大检测信号 靶基因序列 凝胶成像仪 病毒检测 捕获探针 电泳结果 独特优势 特异识别 标本DNA 灵敏度 环化 酶切 杂交 观察 | ||
1.一种检测巨细胞病毒(HCMV)的RCA方法,其特征在于,按照如下步骤完成:
(1)将待测标本按Qiagen公司的病毒DNA提取试剂盒步骤处理,获得含巨细胞病毒(HCMV)的基因组DNA样品;
(2)捕获探针的杂交:在反应管中依次加入含巨细胞病毒(HCMV)的基因组DNA样品、锁式探针、捕获探针,充分混匀,55±1℃水浴杂交,杂交完成后自然冷却至室温,加入溶于2×结合缓冲液的链霉亲和素包被的磁珠,混匀,室温放置,磁性分离,用1×结合缓冲液清洗磁珠数次,弃去洗液,得到杂交产物;
(3)锁式探针的环化连接与酶切:去离子水、步骤(2)制得的杂交产物和10×E.coliBuffer,轻轻混匀,在95±1℃下反应3-5min,然后再在45±1℃下孵育后,加入10×BSA缓冲液和E.coli DNA连接酶,混匀,在37±1℃进行环化连接反应;反应完成后加入10×Exonuclease Ⅰ Buffer和Exonuclease Ⅰ核酸外切酶,混匀,在37±1℃反应,反应完成后在95±1℃下条件下灭活ExonucleaseⅠ核酸外切酶,得到探针环化连接产物;
(4)RCA扩增:取步骤(3)中制得的探针环化连接产物、加入引物和10×phi29 Buffer,混匀后在95±1℃下反应3-5min,然后进行冰浴;再加入phi29 DNA聚合酶、dNTPs液,混匀后在37±1℃进行RCA反应,得到扩增产物;
(5)取步骤(4)制得的扩增产物用的琼脂糖凝胶电泳,有肉眼可见条带扩增出来的为巨细胞病毒(HCMV)阳性,反之为巨细胞病毒(HCMV)阴性,即可完成对巨细胞病毒(HCMV)的检测;
所述步骤(4)中所设计用于RCA反应的引物是:
5’-AACACTTATATATGATACCCATCTACGTTTCGTATTTCTAG-3’ SEQ NO1;
所述步骤(2)中的锁式探针为:
5’-CTAGATAAAAGCACGTTTTAGCGACCGATTAGCGACCGAATTCATTAGGGGAAGAAGACAGTTTCCCAACAGTTTTAAATTCTCCCACGACAGACACCGTCC-3’ 探针的5’端进行磷酸化修饰 SEQ NO2;
所述步骤(2)中的捕获探针为:
Biotin-AACACTTATATATGATACCACGGCCTATGACACCAATAACCATAAGA
SEQ NO3。
2.根据权利要求1所述的检测巨细胞病毒(HCMV)的RCA方法,其特征在于,步骤(2)中锁式探针、捕获探针的浓度均为0.5-1.5μmol/L,且锁式探针、捕获探针相对于DNA样品体积的10-20%。
3.根据权利要求1所述的检测巨细胞病毒(HCMV)的RCA方法,其特征在于,步骤(3)中10×E.coli Buffer相对于步骤(2)制得的杂交产物体积的18-25%;10×BSA缓冲液相对于步骤(2)制得的杂交产物体积的18-25%;E.coli DNA连接酶相对于步骤(2)制得的杂交产物体积的1.5-2.5%;10×Exonuclease I Buffer相对于步骤(2)制得的杂交产物体积的18-25%;Exonuclease I相对于步骤(2)制得的杂交产物体积的18-25%。
4.根据权利要求1所述的检测巨细胞病毒(HCMV)的RCA方法,其特征在于,步骤(4)中引物的添加量为探针环化连接产物的1.8-3%;10×phi29 Buffer的添加量为探针环化连接产物的9.5-15%;phi29 DNA聚合酶的添加量为探针环化连接产物的1.8-3%。
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