[发明专利]一种序列比对滤波处理方法、系统、装置及可读存储介质

权利要求书

1.一种基因序列比对滤波处理方法，其特征在于，包括：

查找待比序列的所有seed在参考序列上出现的绝对位置；

将每一个seed在参考序列上出现的绝对位置进行分块化处理，得到分块后的每个seed的相对位置；

预先将参考序列划分为多个参考序列子片段，建立每个seed的相对位置与相应的参考序列子片段的映射关系；

利用每个seed的特征标识和所述映射关系，确定出每个seed所属的参考子序列，并统计每个参考子序列的seed的出现次数；

利用每个参考子序列中seed的出现次数，过滤掉不满足预设条件的参考子序列，得到满足所述预设条件的目标参考序列子片段；

利用目标参考序列子片段中每个seed的相对位置与绝对位置的差值，恢复出真正的CAL；

其中，所述利用每个seed的特征标识和所述映射关系，确定出每个seed所属的参考子序列的过程，包括：

计算每个seed的hash值；

利用每个seed的hash值作为地址在保存有所述映射关系的滤波hash表中确定出每个seed所属的参考子序列。

2.根据权利要求1所述的基因序列比对滤波处理方法，其特征在于，所述利用每个参考子序列中seed的出现次数，过滤掉不满足预设条件的参考子序列的过程，包括：

利用每个参考子序列中seed的出现次数、出现次数的均值和/或最大值的下降梯度，设置动态滤波门限值；

过滤掉不满足所述动态滤波门限值的参考子序列。

3.一种基因序列比对滤波处理系统，其特征在于，包括：

绝对位置查找模块，用于查找待比序列的所有seed在参考序列上出现的绝对位置；

绝对位置分块模块，用于将每一个seed在参考序列上出现的绝对位置进行分块化处理，得到分块后的每个seed的相对位置；

映射关系建立模块，用于预先将参考序列划分为多个参考序列子片段，建立每个seed的相对位置与相应的参考序列子片段的映射关系；

出现次数统计模块，用于利用每个seed的特征标识和所述映射关系，确定出每个seed所属的参考子序列，并统计每个参考子序列的seed的出现次数；

片段筛选模块，用于利用每个参考子序列中seed的出现次数，过滤掉不满足预设条件的参考子序列，得到满足所述预设条件的目标参考序列子片段；

CAL恢复模块，用于利用目标参考序列子片段中每个seed的相对位置与绝对位置的差值，恢复出真正的CAL；

其中，所述出现次数统计模块，包括：

Hash值计算单元，用于计算每个seed的hash值；

归属确定单元，用于利用每个seed的hash值作为地址在保存有所述映射关系的滤波hash表中确定出每个seed所属的参考子序列。

4.根据权利要求3所述的基因序列比对滤波处理系统，其特征在于，所述片段筛选模块，包括：

门限设置单元，用于利用每个参考子序列中seed的出现次数、出现次数的均值和/或最大值的下降梯度，设置动态滤波门限值；

过滤单元，用于过滤掉不满足所述动态滤波门限值的参考子序列。

5.一种基因序列比对滤波处理装置，其特征在于，包括：

存储器，用于存储计算机程序；

处理器，用于执行所述计算机程序以实现如权利要求1或2所述的基因序列比对滤波处理方法。

6.一种计算机可读存储介质，其特征在于，所述计算机可读存储介质上存储有计算机程序，所述计算机程序被处理器执行时实现如权利要求1或2所述的基因序列比对滤波处理方法的步骤。