[发明专利]与陆地棉纤维强度一般配合力关联的SNP分子标记

说明书

本发明公开与陆地棉纤维强度一般配合力相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于SEQ ID No.1～SEQ ID No.146任一所示核苷酸序列的第50位核苷酸。本发明提供的与陆地棉纤维强度一般配合力相关的SNP分子标记可以用于陆地棉纤维强度一般配合力的早期预测和筛选，还可以用于纤维强度一般配合力的分子标记辅助育种。其直接以DNA的形式表现，不存在表达与否等问题。在陆地棉的各个组织、各个发育阶段均可以检测到，不受季节和环境限制。

技术领域

本发明属于分子生物领域，具体涉及与陆地棉纤维强度一般配合力关联的SNP分子标记。

背景技术

棉花是一种主要的天然纤维作物。在全世界广泛分布的四个棉花栽培种中，陆地棉产量占全球棉花总产量的90％以上。随着人们生活水平的日益提高，对棉花纤维品质的要求也越来越高。棉花纤维强度是纺纱中的重要指标，但我国棉花品种纤维强度大多在27-29cN/tex，品质较差。杂种优势利用是大幅度提高棉花品质和产量的有效途径，而一般配合力(GCA)是棉花杂交育种中筛选亲本的重要指标。利用传统配置大量杂交组合并在多年多点种植从而评估品种一般配合力的方法存在选择率低和周期长等问题。分子标记辅助选择育种是解决这一问题的有效手段。

近年来，随着高通量测序技术的发展和棉花二倍体、四倍体全基因组测序的完成，以SNP(single nucleotide polymorphisms)为代表的第三代分子标记技术，相比之前的标记不仅具有多态性好、广泛分布于全基因组等特点，而且随着高通量测序及生物信息学数据分析技术的发展，可以实现大规模自动化监测。因而SNP标记在遗传图谱构建、种质资源的DNA指纹分析和生物多样性检测、连锁不平衡的关联分析等农作物育种领域发挥着重要作用。

发明内容

本发明所要解决的技术问题为：提供与陆地棉纤维强度一般配合力相关的SNP分子标记及其应用，解决现有的利用传统配置大量杂交组合并在多年多点种植从而评估品种一般配合力的方法存在选择率低和周期长等问题。

本发明的技术方案为：与陆地棉纤维强度一般配合力相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于SEQ ID No.1～SEQ ID No.146任一所示核苷酸序列的第50位核苷酸。该处核苷酸突变导致纤维强度一般配合力出现多态性。

所述SNP分子标记及其发生突变的等位基因位点如表1所示，参考基因组为陆地棉品种TM-1，版本号为Gossypium_hirsutum_v1.1；

(http://mascotton.njau.edu.cn/info/1054/1118.htm)。

表1与陆地棉纤维强度一般配合力相关的SNP分子标记

SNP分子标记组合，含有上述所述的SNP分子标记中的任意两个或多个。

含有上述所述的SNP分子标记中任一SNP分子标记或上述所述的SNP分子标记组合的基因芯片。

上述所述的SNP分子标记或上述所述的SNP分子标记组合或上述所述的基因芯片在棉花纤维强度一般配合力的早期预测和筛选中的应用。

上述所述的SNP分子标记或上述所述的SNP分子标记组合或上述所述的基因芯片在制备棉花全基因组育种芯片中的应用。

上述所述的SNP分子标记或上述所述的SNP分子标记组合或上述所述的基因芯片在棉花分子标记辅助育种中的应用。

上述所述的SNP分子标记或上述所述的SNP分子标记组合或上述所述的基因芯片在高配合力纤维强度棉花品种的选育中的应用。