[发明专利]一种在全基因组水平上预测植物内源siRNA的方法

权利要求书

1.一种在全基因组水平上预测植物内源siRNA的方法，包括以下步骤：

1)利用MITE-Hunter，从全基因组序列数据中筛选得到候选MITEs元件；

2)利用多序列比对方法对步骤1)所述候选MITEs元件进行分析，过滤假阳性结果，得到MITEs元件样本；

3)从步骤2)所述MITEs元件样本中抽取每个MITEs元件样本两端长度为40～60bp的序列，得到待分析序列；

4)对步骤3)所述待分析序列进行互补blast分析，筛选错配为0、序列长度为24～100nt的序列，得到候选siRNA；

5)利用Pln24NT软件，将步骤4)所述候选siRNA与数据库中已有的siRNA进行比对，比对结果一致的siRNA为植物内源siRNA；

步骤1)中所述筛选的过程是通过鉴定TIR和TSD结构特征，得到带有侧翼序列的转座子，过滤结构类似的假阳性结果，得到候选MITEs元件。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤3)中每个MITEs元件两端抽取的序列的长度为50bp。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤1)中所述全基因组序列数据为基因片段数据，每个基因片段的长度为1.8～2.2kb。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在得到MITEs元件样本后，还包括对所述MITEs元件样本进行鉴定，归类为不同的家族。