[发明专利]使用靶基因表达的数学建模评估MAPK-AP-1细胞信号传导途径活性

权利要求书

1.一种由数字处理装置执行的用于推测对象中MAPK-AP-1细胞信号传导途径活性的计算机执行方法，其中所述推测包括：

接收在所述对象的样品中测量的MAPK-AP-1细胞信号传导途径的三个或更多个靶基因的表达水平，

确定所述对象样品中AP-1转录因子(TF)元件的活性水平，所述AP-1TF元件控制所述三个或更多个AP-1靶基因的转录，所述确定是基于评估经校准的数学途径模型，所述经校准的数学途径模型将所述三个或更多个AP-1靶基因的表达水平与AP-1TF元件的活性水平相关联，以及

基于在所述对象样品中确定的AP-1TF元件的活性水平来推测所述对象中MAPK-AP-1细胞信号传导途径的活性，

其中所述三个或更多个AP-1靶基因选自：BCL2L11、CCND1、DDIT3、DNMT1、EGFR、ENPP2、EZR、FASLG、FIGF、GLRX、IL2、IVL、LOR、MMP1、MMP3、MMP9、SERPINE1、PLAU、PLAUR、PTGS2、SNCG、TIMP1、TP53和VIM、优选选自：CCND1、EGFR、EZR、GLRX、MMP1、MMP3、PLAU、PLAUR、SERPINE1、SNCG和TIMP1。

2.权利要求1的方法，进一步包括：

基于推测的所述对象中MAPK-AP-1细胞信号传导途径的活性确定对象中MAPK-AP-1细胞信号传导途径是否异常运行。

3.权利要求2的方法，进一步包括：

为所述对象推荐处方一种药物以校正MAPK-AP-1细胞信号传导途径的异常运行，

其中如果基于推测的MAPK-AP-1细胞信号传导途径活性确定MAPK-AP-1细胞信号传导途径在所述对象中异常运行，则进行所述推荐。

4.权利要求2或3的方法，其中MAPK-AP-1细胞信号传导途径的异常运行是其中MAPK-AP-1细胞信号传导途径在对象中作为肿瘤促进物的运行。

5.权利要求1-4任一项的方法，其中所述方法被用于以下活动的至少一项中：

基于推测的对象中MAPK-AP-1细胞信号传导途径活性的诊断；

基于推测的对象中MAPK-AP-1细胞信号传导途径活性的预后；

基于推测的对象中MAPK-AP-1细胞信号传导途径活性的药物处方；

基于推测的对象中MAPK-AP-1细胞信号传导途径活性的药效预测；

基于推测的对象中MAPK-AP-1细胞信号传导途径活性的副作用预测；

监测药效；

药物开发；

测定开发；

途径研究；

癌症分期；

基于推测的对象中MAPK-AP-1细胞信号传导途径活性的临床试验对象的招募；

要进行的后续测试的选择；和

伴随诊断测试的选择。

6.权利要求1-5任一项的方法，其中所述经校准的数学途径模型是概率模型，优选为贝叶斯网络模型，其基于将所述AP-1TF元件的活性水平与所述三个或更多个AP-1靶基因的表达水平相关联的条件概率，或者其中所述数学途径模型基于所述三个或更多个AP-1靶基因的表达水平的一种或多种线性组合。

7.一种用于推测对象中MAPK-AP-1细胞信号传导途径活性的设备，其包括配置为执行权利要求1-6任一项的方法的数字处理器。

8.一种用于推测对象中MAPK-AP-1细胞信号传导途径活性的非暂时性存储介质，其存储可由数字处理装置执行的指令以执行权利要求1-6任一项的方法。

9.一种用于推测对象中MAPK-AP-1细胞信号传导途径活性的计算机程序，其包括程序代码模块，当所述计算机程序在数字处理装置上运行时，所述程序代码模块使所述数字处理装置执行权利要求1-6任一项的方法。