[发明专利]根本上多样的人类抗体文库

说明书

公开了包含多种抗体的抗体文库，所述抗体具有来自人类中天然存在的记忆和初始B细胞的互补决定区的非天然存在的组合，并且其中所述抗体文库包含大量功能性和非冗余抗体。还公开了制备具有高水平的功能多样性的抗体文库的方法。

交叉引用

本申请要求于2017年12月18日提交的美国临时申请号62/607,199以及于2018年10月31日提交的美国临时申请号62/753,754的权益，这些申请的全部内容通过引用并入本文。

发明背景

单克隆抗体(mAb)可用作治疗剂、研究工具并用于诊断方法中，但找到对期望的靶标具有亲和力的抗体可能具有挑战。抗体文库提供了用于针对目标化合物筛选大量抗体的有效工具。此类文库通常基于天然存在的可变基因的重排或将合成多样性引入抗体序列中。然而，天然抗体文库通常具有极其有限的多样性，而合成文库可能会受到非功能性序列的困扰。因此，需要开发具有高度功能多样性的抗体文库。

发明内容

本文提供了抗体文库，其包含多种抗体。多种抗体可以包含包括VH-CDR1序列、VH-CDR2序列、VH-CDR3序列的VH结构域和包括VL-CDR1序列、VL-CDR2序列、VL-CDR3序列的VL结构域。VH-CDR3序列和VL-CDR3序列中的至少一个可以源自初始B细胞。在一些实施方案中，如果VH-CDR3序列和VL-CDR3序列中的仅一个源自初始B细胞，则并非源自初始B细胞的VH-CDR3序列或VL-CDR3序列源自记忆细胞。VH-CDR1序列、VH-CDR2序列、VL-CDR1序列和VL-CDR2序列可以源自记忆B细胞。在一些实施方案中，源自初始B细胞的VH-CDR3序列和VL-CDR3序列中的至少一个是天然存在的序列。在一些实施方案中，源自记忆细胞的VH-CDR3序列或VL-CDR3序列是天然存在的序列。在一些实施方案中，源自记忆B细胞的VH-CDR1序列、VH-CDR2序列、VL-CDR1序列和VL-CDR2序列是天然存在的序列。在一些实施方案中，源自初始B细胞的VH-CDR3序列和VL-CDR3序列中的至少一个与天然存在的序列包含至少80％的序列同源性。在一些实施方案中，源自记忆细胞的VH-CDR3序列或VL-CDR3序列与天然存在的序列包含至少80％的序列同源性。在一些实施方案中，源自记忆B细胞的VH-CDR1序列、VH-CDR2序列、VL-CDR1序列和VL-CDR2序列与天然存在的序列包含至少80％的序列同源性。在一些实施方案中，VL结构域是VK结构域或Vλ结构域。在一些实施方案中，初始B细胞是CD27-/IgM+B细胞或CD27-/IgD+B细胞。在一些实施方案中，记忆B细胞选自CD27+/IgG+B细胞、CD27+/IgM+B细胞、IgA+B细胞及其组合。在一些实施方案中，初始B细胞和记忆B细胞来自包括从多个个体采样的多个初始B细胞和记忆B细胞的样品。在一些实施方案中，多个个体是至少50个个体。在一些实施方案中，多种抗体在多个噬菌体的表面上表达。在一些实施方案中，多个噬菌体是细菌噬菌体或噬菌粒。在一些实施方案中，多个噬菌体中的每个噬菌体包含编码以下的核酸序列：i)多种抗体中的抗体，和ii)编码噬菌体外壳蛋白的基因。在一些实施方案中，噬菌体外壳蛋白是蛋白gIII。在一些实施方案中，每个噬菌体的核酸序列的表达产生与噬菌体外壳蛋白融合的抗体。在一些实施方案中，VH结构域进一步包含选自IGHJ4、IGHV1-46、IGHV1-69、IGHV3-15和IGHV3-23的框架区。在一些实施方案中，VL结构域进一步包含选自IGKV1-39、IGKV2-28、IGKV3-15和IGKV4-1的框架区。在一些实施方案中，多种抗体包括至少7.6×10¹⁰种抗体。在一些实施方案中，多种抗体中的至少95％是功能性的。