[发明专利]用于表征癌症的组合物和方法

说明书

本公开内容涉及用于表征癌症和确定治疗行动过程的组合物、系统和方法。具体地，本公开内容涉及利用基因表达和甲基化特性来分级和治疗肾上腺皮质癌的组合物、系统和方法。

相关申请的交叉引用

本申请要求2017年11月29日提交的美国临时申请号62/592,009和2018年5月22日提交的美国临时申请号62/674,883的优先权和权益，其内容特此通过引用整体并入。

技术领域

本公开内容涉及用于表征癌症和确定治疗行动过程的组合物、系统和方法。具体地，本公开内容涉及利用基因表达和甲基化特性来分级和治疗肾上腺皮质癌的组合物、系统和方法。

背景技术

肾上腺皮质癌(ACC)是一种总体预后不良的罕见恶性肿瘤。ACC的治疗选择是有限的，并且外科手术是可以提供长期缓解和治愈的唯一疗法。尽管进行了外科手术，三分之一的具有早期疾病的患者在术后仍发生转移，因此需要全身治疗。由于该原因，在无切缘手术切除之后，使用抗肾上腺素化合物米托坦的辅助疗法现在成为大多数ACC患者的标准护理的一部分。米托坦的治疗性血清水平通常需要数月的药物施用才能达到，许多患者不可避免地在该窗口期间复发。辅助细胞毒性化学疗法对这些高危患者是非常有益的。多达三分之一的患者不会在外科手术后复发，因此不需要辅助护理。但是，ACC中的风险分级具有挑战性。

基于细胞增殖的组织学评估（通过KI67指数或有丝分裂计数）对具有早期疾病的患者的复发风险进行分级的当前方案具有一些限制，并且不会可靠地鉴别出具有高危ACC的患者。

需要用于鉴别和治疗高危患者的改进方法。

发明内容

本公开内容涉及用于表征癌症和确定治疗行动过程的组合物、系统和方法。具体地，本公开内容涉及利用基因表达和甲基化特性来分级和治疗肾上腺皮质癌的组合物、系统和方法。

在某些实施方案中，本文提供了一种用于表征肾上腺皮质癌(ACC)的方法，所述方法包括以下步骤或由以下步骤组成：a)使来自被诊断出患有ACC的受试者的样品与用于确定BUB1有丝分裂检验点丝氨酸/苏氨酸激酶B (BUB1B)、PTEN诱导的假定激酶1 (PINK1)和G0/G1开关2 (G0S2)中的至少一种的表达水平以及G0S2的甲基化状态的试剂接触；和b)基于BUB1B、PINK1和G0S2中的至少一种的表达水平以及G0S2的甲基化状态，将所述ACC表征为分子亚组COC1、COC2或COC3。在某些实施方案中，所述表征包括确定BUB1B-PINK1表达评分。在某些实施方案中，高于阈值水平的BUB1B-PINK1表达评分指示COC1。在某些实施方案中，低于阈值水平的BUB1B-PINK1表达评分和小于阈值水平(例如，5%)的G0S2甲基化指示COC2。在某些实施方案中，低于阈值水平的BUB1B-PINK1表达评分和大于阈值水平(例如，5%)的G0S2甲基化指示COC3。在某些实施方案中，所述表征进一步包括确定预后(例如，转移的可能性)。在某些实施方案中，COC3分类指示ACC的转移和侵袭性癌症。在某些实施方案中，所述方法进一步包括基于分子亚组确定治疗行动过程。例如，在某些实施方案中，所述治疗行动过程包括在具有COC3肿瘤的受试者中的辅助细胞毒性化学疗法(例如，米托坦)。在某些实施方案中，所述方法进一步包括施用所述治疗。

另外的实施方案提供了一种治疗ACC的方法，所述方法包括以下步骤或由以下步骤组成：a)使来自被诊断出患有ACC的受试者的样品与用于确定BUB1B、PINK1和G0S2中的至少一种的表达水平以及G0S2的甲基化状态的试剂接触；b)基于BUB1B、PINK1和G0S2的表达水平以及G0S2的甲基化状态，将所述ACC表征为分子亚组COC1、COC2或COC3；和c)在具有COC3肿瘤的受试者中施用辅助细胞毒性化学疗法。