[发明专利]用于评定和治疗癌症的方法和材料

说明书

本文提供了用于鉴定可用以鉴定哺乳动物患病(例如癌症)的生物标志物(例如肽生物标志物)的方法和材料。本文还提供了用于鉴定和/或治疗癌症的方法和材料。举例来说，本文提供了使用一种或多种源自于肽基‑脯氨酰顺反异构酶A(PPIA)多肽的肽片段鉴定哺乳动物患有癌症(例如卵巢癌)的方法和材料。

相关申请的交叉引用

本申请要求2017年11月20日提交的美国专利申请序列号62/588,654的权益。先前申请的公开内容被视为是本申请的公开内容的一部分(并以引用的方式并入)。

背景

1.技术领域

本文提供了用于鉴定可用以鉴定哺乳动物患病(例如癌症)的生物标志物(例如肽生物标志物)的方法和材料。本文还提供了用于鉴定和/或治疗癌症的方法和材料。举例来说，本文提供了使用一种或多种源自于肽基-脯氨酰顺反异构酶A(PPIA)多肽的肽片段鉴定哺乳动物患有癌症(例如卵巢癌)的方法和材料。

2.背景信息

今年一百万女性中近四分之一的女性将被诊断为患有卵巢癌，且超过140,000名女性将死于她们的疾病(Howlader等人2014 SEER Cancer Statistics Review，1975-2011(美国国家癌症研究所(National Cancer Institute)，Bethesda))。卵巢癌如果是在早期在所述癌症扩散至卵巢外之前被诊断出并进行治疗，那么5年相对存活率超过90％(Howlader等人2014SEER Cancer Statistics Review，1975-2011(美国国家癌症研究所，Bethesda))。然而，所有卵巢癌中仅仅15％是在上述早期发现，且在晚期发现癌症的患者的预后很惨(Howlader等人2014 SEER Cancer Statistics Review，1975-2011(美国国家癌症研究所，Bethesda))。因此，广泛认识到需要研发可能较早地检测出卵巢癌的生物标志物。多次尝试使用常规的生物标志物如CA-125或HE-4，或使用超声波进行上述的检测(Fishman等人2005 Am J Obstet Gynecol 192：1214-1221；Li等人2009 Expert Rev MolDiagn 9：555-566；Scholler 等人2007 Biomarkers Med 1：513-523；以及Van Gorp等人2011 Br J Cancer 104：863-870)。虽然一些显示出了希望，但它们当中没有一个是美国预防服务工作组(US Preventive Services TaskForce)推荐用于筛选的，因为它们太频繁地导致“重大的伤害，包括在未患癌症的女性中的大型外科手术”(Moyer等人2012 AnnIntern Med 157：900-904)。

概述

本文提供了用于鉴定和/或治疗癌症的方法和材料。在一些情况下，本文提供了使用一种或多种PPIA肽片段鉴定哺乳动物患有癌症(例如卵巢癌)的材料和方法。举例来说，样品(例如无创样品，如血液样品)中升高水平的一种或多种PPIA肽片段可用于鉴定哺乳动物患有卵巢癌。举例来说，至少部分地基于升高水平的一种或多种循环肽生物标志物(例如一种或多种PPIA肽片段)被鉴定为患有癌症(例如卵巢癌)的哺乳动物可用一种或多种癌症治疗来治疗。

本文还提供了用于鉴定和/或验证可用作生物标志物来鉴定哺乳动物患有癌症的肽生物标志物(例如循环肽生物标志物)的方法和材料。在一些情况下，可使用定性和定量质谱分析(MS)技术的组合来鉴定多种循环肽生物标志物。举例来说，来自癌症患者和健康个体的样品的整体血浆蛋白质组概况分析可用于鉴定候选肽生物标志物，且每种候选肽生物标志物可通过用选择反应监测(SAFE-SRM)对分级分离的洗脱物进行按序分析以验证候选肽标志物来评估。在一些情况下，如本文所述可使用一种或多种本文所鉴定的肽(例如一种或多种循环肽生物标志物)来鉴定患有疾病(例如癌症)的哺乳动物。