[发明专利]通过染色体相互作用遗传调节免疫响应

权利要求书

1.一种用于检测代表群体中的亚组的染色体状态的方法，包括确定在基因组的限定区域内存在或不存在与所述染色体状态有关的染色体相互作用，其中，所述亚组与免疫响应个体的状态有关；并且

-其中，所述染色体相互作用任选地通过确定哪些染色体相互作用与对应于所述群体的免疫响应亚组的染色体状态有关的方法确定，包括使来自具有不同染色体状态的亚组的第一组核酸与第二组索引核酸接触，以及允许互补序列杂交，其中，所述第一组核酸和第二组核酸中的核酸代表连接产物，所述连接产物包含来自在染色体相互作用中聚集在一起的两个染色体区域的序列，并且其中，所述第一组核酸和所述第二组核酸之间的杂交模式允许确定哪些染色体相互作用对免疫响应亚组是特异性的；并且

-其中，所述染色体相互作用：

(i)存在于表1中列出的区域或基因的任一个中；和/或

(ii)对应于由表1中示出的任何探针代表的染色体相互作用中的任一种，和/或

(iii)存在于包含或侧翼于(i)或(ii)的4,000个碱基的区域中；

或

a)存在于表13中列出的区域或基因的任一个中；和/或

b)对应于由表13中示出的任何探针代表的染色体相互作用中的任一种，和/或

c)存在于包含或侧翼于(a)或(b)的4,000个碱基的区域中；

或

(α)存在于表16中列出的区域或基因的任一个中；和/或

(β)对应于由表16中示出的任何探针代表的染色体相互作用中的任一种，和/或

(γ)存在于包含或侧翼于(α)或(β)的4,000个碱基的区域中。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，染色体相互作用的特定组合分型为：

(i)包含由表1中的探针代表的所有染色体相互作用；和/或

(ii)包含由表1中的探针代表的至少10、50、100、150、200或300种染色体相互作用；和/或

(iii)一起存在于表1中列出的至少10、50、100、150或200个区域或基因中；和/或

(iv)其中，对至少10、50、100、150、200或300种染色体相互作用进行了分型，所述染色体相互作用存在于包含或侧翼于由表1中的探针代表的染色体相互作用的4,000个碱基的区域中。

3.根据权利要求1所述的方法，其中，染色体相互作用的特定组合分型为：

(i)包含由表13中的探针代表的所有染色体相互作用；和/或

(ii)包含由表13中的探针代表的至少10、50、100、150、200或300种染色体相互作用；和/或

(iii)一起存在于表13中列出的至少10、50、100、150或200个区域或基因中；和/或

(iv)其中，对至少10、50、100、150、200或300种染色体相互作用进行了分型，所述染色体相互作用存在于包含或侧翼于由表13中的探针代表的染色体相互作用的4,000个碱基的区域中。

4.根据权利要求1所述的方法，其中，染色体相互作用的特定组合分型为：

(i)包含由表16中的探针代表的所有染色体相互作用；和/或

(ii)包含由表16中的探针代表的至少10、20、30或40种染色体相互作用；和/或

(iii)一起存在于表16中列出的至少10、20、30或40个区域或基因中；和/或

(iv)其中，对至少10、20、30或40种染色体相互作用进行了分型，所述染色体相互作用存在于包含或侧翼于由表16中的探针代表的染色体相互作用的4,000个碱基的区域中。