[发明专利]使用靶基因表达的数学建模评估JAK-STAT3细胞信号传导途径活性

权利要求书

1.一种由数字处理装置执行的用于推测对象中JAK-STAT3细胞信号传导途径的活性的计算机执行方法，其中所述推测包括：

接收在所述对象的样品中测量的JAK-STAT3细胞信号传导途径的三个或更多个靶基因的表达水平，

确定所述对象的样品中JAK-STAT3转录因子(TF)元件的活性水平，所述JAK-STAT3 TF元件控制所述三个或更多个JAK-STAT3靶基因的转录，所述确定基于评估将所述三个或更多个JAK-STAT3靶基因的表达水平与JAK-STAT3 TF元件的活性水平相关联的经校准的数学途径模型，以及

基于在所述对象的样品中确定的所述JAK-STAT3 TF元件的活性水平推测所述对象中JAK-STAT3细胞信号传导途径的活性，

其中所述三个或更多个JAK-STAT3靶基因选自：BCL2L1、BIRC5、CCND1、CD274、FOS、HIF1A、HSP90AA1、HSP90AB1、MMP1和MYC，或者选自：BCL2L1、CD274、FOS、HSP90B1、HSPA1B、ICAM1、IFNG、JunB、PTGS2、STAT1、TNFRSF1B和ZEB1。

2.权利要求1的方法，其中所述三个和更多个JAK-STAT3靶基因包括选自：BCL2L1、BIRC5、CCND1、CD274、FOS、HIF1A、HSP90AA1、HSP90AB1、MMP1和MYC的六个或更多个JAK-STAT3靶基因，或者选自：BCL2L1、CD274、FOS、HSP90B1、HSPA1B、ICAM1、IFNG、JunB、PTGS2、STAT1、TNFRSF1B和ZEB1的六个或更多个JAK-STAT3靶基因。

3.权利要求1或2的方法，其中选自BCL2L1、BIRC5、CCND1、CD274、FOS、HIF1A、HSP90AA1、HSP90AB1、MMP1和MYC的所述三个或更多个JAK-STAT3靶基因是基于它们在实体瘤、优选上皮样品中区分JAK-STAT3细胞信号传导途径活性是活跃的还是非活跃的能力而选择的，和/或被用于在实体瘤、优选肺样品上校准的经校准的数学途径模型中，或者其中选自BCL2L1、CD274、FOS、HSP90B1、HSPA1B、ICAM1、IFNG、JunB、PTGS2、STAT1、TNFRSF1B和ZEB1的所述三个或更多个JAK-STAT3靶基因是基于它们在血液样品中区分JAK-STAT3细胞信号传导途径活性是活跃的还是非活跃的能力而选择的，和/或被用于在血液样品上校准的经校准的数学途径模型中。

4.权利要求1的方法，进一步包括：

基于推测的所述对象中JAK-STAT3细胞信号传导途径的活性确定所述对象中JAK-STAT3细胞信号传导途径是否异常运行。

5.权利要求4的方法，进一步包括：

为所述对象推荐处方药物，以校正JAK-STAT3细胞信号传导途径的异常运行，

其中如果基于推测的JAK-STAT3细胞信号传导途径的活性确定JAK-STAT3细胞信号传导途径在所述对象中异常运行，则进行所述推荐。

6.权利要求4或5的方法，其中所述JAK-STAT3细胞信号传导途径的异常运行是其中JAK-STAT3细胞信号传导途径在所述对象中作为肿瘤促进物的运行。