[发明专利]通过细菌宏基因组分析来诊断淋巴瘤的方法

说明书

本发明涉及一种通过细菌宏基因组分析诊断淋巴瘤的方法，更具体地，涉及通过使用来源于正常个体和受试者的样品进行宏基因组分析来分析特定细菌的细胞外囊泡含量的增加或减少来诊断淋巴瘤的方法。环境中存在的细菌分泌的细胞外囊泡被人体吸收，从而直接影响癌细胞的发展，并且因为淋巴瘤难以在症状显现之前早期诊断，因此使得有效治疗困难。因此，通过根据本发明，使用来源于人的样品，对细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析来预先预测淋巴瘤发作的风险，可早期诊断和预测淋巴瘤风险群体以利用适当的治愈延迟淋巴瘤发作的时间或防止淋巴瘤发作，并且发作之后，可进行早期诊断，从而降低淋巴瘤的发生率并提高治疗效果。

技术领域

本发明涉及通过细菌宏基因组分析诊断淋巴瘤的方法，更具体地，涉及通过使用来源于正常个体的样品和来源于受试者的样品进行细菌宏基因组分析以分析来源于特定细菌的细胞外囊泡的含量的增加或减少来诊断淋巴瘤的方法等。

背景技术

淋巴瘤是一组血液癌，其起源于淋巴细胞，主要起源于淋巴结，但可能在任何与淋巴相关的组织中发展。典型症状包括淋巴结肿大、盗汗、发烧、体重减轻、疲劳等。淋巴结肿大无痛，为此，它有别于感染引起的淋巴结肿大。基本上，由于淋巴瘤是血液癌，因此手术治疗通常可能无效，但是化学疗法或放射疗法是有效的。根据韩国中央癌症登记中心(KCCR)2011年报告的数据，2009年，韩国平均发生192,561例癌症病例，其中男女恶性淋巴瘤的年平均发病率为4,093例，其占总癌症发生率的2.13％。男性和女性恶性淋巴瘤发生的平均人数为男性2,313例和女性1,780例。按年龄段(包括男女)的淋巴瘤发病率在60岁最高，为22.1％，其次是在50岁和70岁，为19.3％，并且在40岁，为15.4％。

作为淋巴瘤的危险因素，感染或免疫调节异常是淋巴瘤发展的原因之一。已知HTLV-1感染、与获得性免疫缺陷综合症病毒相关的淋巴瘤、与丙型肝炎相关的慢性淋巴瘤、与EB病毒相关的伯基特(Burkitt)淋巴瘤、NK/T淋巴瘤以及与幽门螺杆菌相关的淋巴瘤与感染有关。另外，即使免疫力降低，淋巴瘤也可能发展，并且已知器官移植、获得性免疫缺陷综合症、先天性免疫缺陷综合症和自身免疫性疾病的发病率增加。淋巴瘤的诊断通常可通过淋巴结活检来进行，并且当获得病理组织时，将进行基础染色和免疫组织化学染色以区分类型。通过PET-CT可以知道是否涉及其他器官。

同时，众所周知，在人体内共生的微生物数量为100万亿，是人类细胞数的10倍，微生物的基因数超过人类基因数的100倍。微生物群(microbiota)是一种微生物群落，其包括在给定栖息地中存在的细菌、古细菌和真核生物。已知肠道微生物群在人类的生理现象中起着至关重要的作用，并通过与人类细胞的相互作用对人体健康和疾病产生重大影响。共存于人体内的细菌分泌纳米级的囊泡，以与其他细胞交换关于基因、蛋白质、低分子量的化合物等的信息。粘膜形成不允许尺寸为200nm或以上的粒子通过的物理阻隔膜，因此共生在粘膜中的细菌不能通过，但来源于细菌的细胞外囊泡具有大约为100nm或更小的尺寸，因此相对自由地通过粘膜并被吸收到人体内。

宏基因组学(也称为环境基因组学)可以是针对从自环境中收集的样品获得的宏基因组数据的分析学(韩国专利公开No.2011-073049)。最近，使用基于16s核糖体RNA(16srRNA)碱基序列的方法列出了人类微生物群的细菌组成，并且使用下一代测序(NGS)平台分析了16s rDNA碱基序列，其是16s核糖体RNA的基因。然而，对于淋巴瘤的发作，尚未报道过通过对来源于人类的材料(如血液或尿液)中的细菌囊泡进行宏基因组分析来鉴定淋巴瘤的病因以预测或诊断淋巴瘤的方法。

发明内容

[技术问题]

本发明人从作为来源于正常个体的样品和来源于受试者的样品的血液中存在的来源于细菌的细胞外囊泡中提取基因，并在这方面进行了宏基因组分析，以便提前诊断出淋巴瘤的病因和风险，并且结果，鉴定出可用作淋巴瘤的致病因子的来源于细菌的细胞外囊泡，从而基于此完成本发明。