[发明专利]用于微阵列信号处理的维特比解码器

权利要求书

1.一种基于离散区域的调用方法，其包括：

接收由染色体、开始标记和结束标记界定的区域，且针对所述区域内的每一标记：

将所述标记的对数比除以对拷贝数变化的预期响应度以生成phi变换对数比；

通过计算状态中的每一个的发射概率在所述状态中的一个或多个中对所述phi变换对数比的概率分布进行建模；

跨所述标记平移局部路径窗口以确定通过所述状态和所述标记的一组可能转变路径；

为每个标记构建一个局部证据矩阵，其包括基于观察数据的每个状态的证据水平；；

以转变矩阵、所述局部证据矩阵和状态初始概率向量操作维特比解码器以生成状态向量，所述状态向量包括与沿着通过所述局部证据矩阵的最可能路径的所述标记中的每一个相关联的所述状态；

以所述状态向量操作第一分段器以将片段分割为具有相同状态的连续标记的分段表；

以所述分段表和最小片段大小操作第二分段器以将低于所述最小片段大小的片段合并为邻接片段以产生最小化分段表；

在所述最小化分段表上操作分段终结器以将片段索引转换为基因组位置；以及

使用片段的中值汇总每一片段内的所述phi变换对数比；以及

针对每一片段生成总的每标记值。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述转变矩阵是对称的，且保持在相同状态的概率高于转变到不同状态的概率。

3.根据权利要求1-2中任一项所述的方法，其中所述状态初始概率向量进一步包括所述标记处于所述状态中的每一个的初始概率。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述局部路径窗口的长度小于所检查段的长度的两倍。。

5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述局部证据矩阵维度由行的所述状态和列的所述标记控制。

6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中计算所述状态中的每一个的所述发射概率进一步包括从所述phi变换对数比减去所述状态的平均值，并除以所述状态的所述标记的变异率估计值。

7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述对数比包含log₂比率。

8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述对数比是阵列上的特定探针组的强度除以参考强度的对数。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述参考强度是针对来自不同阵列的所述特定探针组观察到的所述强度的平均强度，其中不同阵列与从不同个体导出的核酸群杂交。

10.根据权利要求8或9所述的方法，其中所述探针组包含被配置成与同一基因组或转录子基因座杂交的一组探针。