[发明专利]用于分离不对称核酸复合物的方法和组合物

说明书

本公开内容提供了用于分离不对称带引物和/或不对称加标签的核酸复合物的改进的方法，其可用于下游分析型分析，包括序列分析。还提供了包含此类复合物的组合物，以及用于产生此类复合物的试剂盒和系统。

相关申请的交叉引用

本申请要求2017年7月18日提交的题为“用于分离不对称核酸复合物的方法和组合物(Methods and Compositions for Isolating Asymmetric Nucleic AcidComplexes)”的美国临时专利申请62/534,065的优先权权益，其全部内容通过引用方式纳入本文。

背景技术

理解作为所有生命框架蓝图的遗传密码的能力已在无数领域取得了无数进步。从诊断疾病的能力到鉴定进化联系和/或多样性的能力，再到开发新材料和新组合物时操作遗传框架的能力，这种理解为无数的、已造福人类并将继续造福人类的进步打开了大门。

这些进步不可或缺的是针对遗传密码的读取和/或表征的技术的进步。例如，核酸测序技术的发展已经允许一个碱基接一个碱基地鉴定构成遗传密码的核酸序列，以至阐明整个人类基因组。其它进展包括基于快速阵列的技术，该技术允许合理方便地从患者或其它生物样品中鉴定遗传模式。

随着每一项技术进步，都有机会通过与这些先进领域相关联的相关或辅助性技术的进步来进一步改善现有技术。例如，荧光染料化学的进步通过允许对生物反应及其产物进行简单的光学分析，推动了遗传技术的许多进步。同样，微流体技术的发展为流体和试剂处理方面的进步提供了可重复性，这是以前无法通过更常规的手段实现的。

如下详述，本公开内容提供了用于分离特定核酸复合物的改进方法，其可用于许多下游分析中，包括单分子序列分析。

发明概述

本公开内容提供了用于分离不对称带引物(asymmetrically-primed)和/或不对称加标签(asymmetrically-tagged)的核酸复合物的改进的方法，其可用于下游分析型分析，包括序列分析。还提供了包含此类复合物的组合物，以及用于产生此类复合物的试剂盒和系统。

本公开内容的方面包括一种用于分离不对称带引物的核酸模板的方法，该方法包括：获得样品，所述样品包含对称带引物的核酸模板和不对称带引物的核酸模板的混合物，其中所述核酸模板包含两端带有发夹衔接子的双链插入物区域，其中各对称带引物的核酸模板包含与两个末端发夹衔接子杂交的捕获引物或与两个末端发夹衔接子杂交的合成引物，并且其中各不对称带引物的核酸模板包含在一端与发夹衔接子杂交的捕获引物和在相对端与发夹衔接子杂交的合成引物；使样品与固体支持物接触，所述固体支持物包含对捕获引物上的捕获区域具有特异性的固定的结合部分，由此将捕获引物杂交的核酸模板固定至固体支持物；在促进从合成引物进行核酸合成的条件下，使固体支持物上固定的核酸模板与具有链置换活性的核酸聚合酶接触；和，通过所述核酸聚合酶的链置换活性，收集从固体支持物固定的捕获引物洗脱的核酸模板，由此分离不对称带引物的核酸模板。

在某些实施方式中，不对称带引物的核酸模板用包含引物结合位点的第一发夹衔接子对称加标签，其中捕获引物和合成引物对引物结合位点具有特异性，并且其中捕获引物和合成引物无法同时结合至同一引物结合位点。

在某些实施方式中，样品是通过在核酸杂交条件下使对称加标签的核酸模板与捕获引物和合成引物接触而获得。

在某些实施方式中，捕获引物和合成引物的摩尔比为1:1。

在某些实施方式中，对称带引物的核酸模板用第一发夹衔接子或第二发夹衔接子对称加标签，而不对称带引物的核酸模板用第一发夹衔接子在一端和第二发夹衔接子在相对端不对称加标签，其中第一发夹衔接子包含对合成引物具有特异性的合成引物结合位点，第二发夹衔接子包含对捕获引物具有特异性的捕获引物结合位点。

在某些实施方式中，样品通过将捕获引物和合成引物退火至对称加标签和不对称加标签的核酸模板的混合物来获得。