[发明专利]用于黑素瘤检测的方法

说明书

本发明涉及用于检测黑素瘤的方法、用于确定黑素瘤是稳定的还是进行性的方法、用于在患有黑素瘤的主体中评价外科手术切除的程度的方法和用于确定患有黑素瘤的主体对疗法的反应的方法。

与相关申请的交叉引用

本申请要求于2017年5月25日提交的美国临时申请No. 62/511,058的利益和优先权，其内容特此引入作为参考。

序列表的引入作为参考

于2018年5月12日创建的，且大小为265 kB的名为“LBIO-001_001WO SEQLISTING.txt”的文本文件的内容特此整体引入作为参考。

发明领域

本发明涉及黑素瘤检测。

发明背景

黑素瘤是一种常见的（~24-35/100,000发病率-美国）、高度侵袭性皮肤癌，其发病率继续上升。最常见的皮肤黑素瘤与紫外线照射和免疫调节异常有关。整体而言，已知黑素瘤具有最高的突变负荷（10个突变/Mb）。主要突变包括BRAF（~50％）、N-Ras（~20％）和NF-1（~5％），其一起构成所有突变的75％。黑素瘤嗜好MAPK途径激活，无论肿瘤是否表现出在编码这个途径中蛋白质的基因中的突变。这提供了在这个肿瘤中定向治疗例如BRAF v600E剂的原理。例如在RAS蛋白病（RASopathy）基因中的其他功能获得和功能失去突变以及细胞周期蛋白D1/cdk4的扩增和/或肿瘤阻抑基因PTEN的突变/丧失，也表征了肿瘤。这使黑素瘤成为最具侵袭性和治疗抗性的癌症之一。

五年生存率的范围从I期的95-100％，II期的65-93％一直到III期和IV期的分别41-71％和9-28％。当有化学疗法和放射为附加法时，外科手术、免疫治疗和定向治疗为处理（management）提供了基础。然而，外科手术在黑素瘤的护理（诊断、治愈和缓和）中起着决定性的作用。警戒淋巴结活组织检查已变得普及，这是因为它提供了预后信息。然而，黑素瘤缺乏临床上有用的疾病活性的非侵袭性例如基于血液的生物标志，以通过提供预测性或预后信息来帮助指导患者处理。

基于血液的因素包括乳酸脱氢酶（LDH），检测循环肿瘤（ct）DNA中的突变，测量循环肿瘤细胞（CTCs）和循环mRNA。LDH一般用于鉴定侵袭性肿瘤行为并预测复发，但其度量标准非常低，例如30-50％准确的。其对黑素瘤也非特异性。可以在ctDNA中在血液中检测靶基因（如BRAF）中的突变，但其作为治疗功效指示物的效用有限，例如，45-70％准确的。CTCs似乎不是黑素瘤的准确标志，且关于其临床效用没有一致意见。已检测到循环微RNAs（miRNA），但尚无临床有用性的证据。

对于黑素瘤，没有起疾病复发的诊断或预后作用的多-mRNA循环生物标志。当前缺乏可用于监控黑素瘤外科手术或药物疗法功效的生物标志。

发明概述

除了别的之外，本文公开了用于黑素瘤的28-基因表达工具。其对黑素瘤的检测具有高的灵敏度和特异性（95％），并且可以区分侵袭性的未治疗的疾病和稳定的治疗的疾病。