[发明专利]用于检测乙型肝炎病毒(HBV)的测定

说明书

本公开涉及用于扩增和检测样品中的人乙型肝炎病毒(HBV)的方法、试剂盒和组合物，其包含正向寡核苷酸引物、反向寡核苷酸引物和寡核苷酸探针的多种组合。

相关申请的交叉引用

本申请要求2017年9月27日提交的美国临时专利申请号62/564,008的权益，所述临时专利申请通过引用并入本文。

电子提交材料的通过引用并入

通过引用整体并入本文的是与本申请同时提交并且标识如下的计算机可读核苷酸/氨基酸序列表：一个1,460字节ASCII(文本)，文件名“2017_09_27_13122USL1-SEQ-LIST.txt”，创建于2017年9月27日。

背景技术

乙型肝炎病毒(HBV)是一种DNA病毒，含有大约3.2kb的部分双链基因组(Liang等人,Hepatology,49(5):S13-21(2009)；Lok等人,Hepatology,34(6):1225-41(2001)；以及Hepatitis and Liver Cancer:A National Strategy for Prevention and Control ofHepatitis B and C.Colvin HM,Mitchell AE编辑.2010:Washington(DC))。HBV是世界上最广泛的感染剂之一并且是世界范围内可造成终身慢性感染、肝硬化(瘢痕)、肝癌、肝衰竭和死亡的最常见的几种病毒之一(Liang等人,Hepatology,49(5):S13-21(2009))。截至2016年，全球约2.4亿人患有慢性乙型肝炎并且每年大约686,000人因乙型肝炎并发症(诸如肝硬化和肝癌)而死亡(World Health Organization:Media Centre；Hepatitis B FactSheet.www.who.int/mediaventre/factsheets/fs204/en/)。常见的感染途径是出生时或童年早期期间的母婴传播(Gentile等人,Int J Womens Health,6:605-11(2014)；Srivastava等人,J Pediatric Gastroenterology Nutr,59(3):393-7(2014)；以及Yeung等人,Liver Int,30(1):5-18(2010))。HBV感染的其它风险因素包括静脉药物使用、血友病、高危性行为、血液透析、医护人员针刺受伤以及身体穿刺和纹身(Schweitzer等人,Lancet,386(10003):1546-1555(2015))。

HBV在九种已知的HBV基因型(A-I)和高度保守区域内具有大量遗传多样性。肝炎主要经由血清学(例如，乙型肝炎表面抗原、肝炎核心抗原和乙型肝炎表面抗体)诊断。针对HBV DNA的核酸测试(NAT)用于协助管理经历抗病毒疗法的患有慢性HBV感染的患者以测量在基线时和在治疗期间的HBV DNA水平，从而协助评估对治疗的应答(Terrault等人,Hepatology,63(1):261-282(2015))。然而，许多现有核酸测试利用单探针检测和定量HBVDNA。这类单探针检测方法可能导致对一些罕见的HBV变体和由于探针区域内的突变而出现的变体的定量不足或检测缺乏。核酸测试通常也使用呈液体形式提供的PCR试剂进行，所述PCR试剂需要冷冻存储和分批测试，并且样品制备和实时PCR的周转时间可能超过数个小时。NAT还易于出现处理错误(诸如污染)，并且当病毒的初始峰消除，尤其当测试合并样品时，DNA水平可能降到检测限以下。

因此，仍然需要如下HBV检测方法和系统：(i)即使存在大量HBV遗传多样性仍可靠地检测HBV；(ii)以消除或减少存储需求和PCR试剂浪费的形式提供，以及(iii)可以迅速进行。本公开提供这类方法和系统。

发明内容