[发明专利]用于改进编索引的核酸文库中的样品鉴定的组合物和方法

权利要求书

1.一种方法，所述方法包括：

提供第一文库，所述第一文库包含具有第一衔接子-靶-第一衔接子序列的第一多于一个多核苷酸，其中所述第一多于一个多核苷酸的多核苷酸在包含所述靶和在所述靶的两个末端的所述第一衔接子的至少一部分的区域是双链的；

提供第一引物寡核苷酸，所述第一引物寡核苷酸被配置为在所述第一衔接子的链的3’末端附近与所述第一衔接子的一部分杂交，其中所述第一引物寡核苷酸的5’末端被修饰以防止被具有5’外切核酸酶活性的酶消化；

提供第二引物寡核苷酸，所述第二引物寡核苷酸被配置为在所述第一衔接子的互补链的3’末端附近与所述第一衔接子的一部分的所述互补序列杂交，其中所述第二引物寡核苷酸的5’末端被修饰以防止被具有5’外切核酸酶活性的酶消化；

将所述第一文库与所述第一引物寡核苷酸和所述第二引物寡核苷酸在适于扩增所述具有第一衔接子-靶-第一衔接子序列的多核苷酸的条件下在溶液中孵育，以产生具有被修饰以防止被具有5’外切核酸酶活性的酶消化的5’末端的扩增的第一文库多核苷酸，其中扩增的多核苷酸具有扩增的第一衔接子-靶-扩增的第一衔接子序列，并且其中所述扩增的第一衔接子序列包含第一文库特异性序列；

修饰所述扩增的第一文库多核苷酸的3’末端，以防止(i)或(ii)的一种或两种：(i)被具有3’外切核酸酶活性的酶消化，或(ii)被具有聚合酶活性的酶将核苷酸添加到所述3’末端，从而产生具有修饰的5’末端和3’末端的受保护的第一文库多核苷酸。

2.根据权利要求1所述的方法，其中修饰所述扩增的第一文库多核苷酸的3’末端包括在所述多核苷酸的3’末端处掺入双脱氧核苷酸。

3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述扩增的第一文库多核苷酸的5’末端包含硫代磷酸酯键。

4.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述扩增的第一文库多核苷酸的5’末端包含三个硫代磷酸酯键。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，所述方法还包括将具有修饰的3’末端的所述受保护的第一文库多核苷酸与一种或更多种具有5’外切核酸酶活性和3’外切核酸酶活性的酶孵育。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，所述方法还包括：

提供基底，所述基底具有包含多于一个附接的寡核苷酸的表面，所述寡核苷酸具有游离3’末端；和

将所述基底的所述表面与包含具有修饰的3’末端的所述受保护的第一文库多核苷酸的组合物在允许所述受保护的第一文库多核苷酸的第一衔接子的链的一部分与附接至所述基底的所述表面的寡核苷酸的至少一部分杂交的条件下接触。

7.根据权利要求6所述的方法，所述方法还包括通过掺入与具有所述修饰的3’末端的、与所述附接的寡核苷酸杂交的所述受保护的第一文库多核苷酸的序列互补的核苷酸使附接至所述基底的所述表面的寡核苷酸从所述游离的3’末端延伸，以产生杂交的多核苷酸的拷贝使得所述拷贝被附接至所述基底的所述表面。

8.根据权利要求7所述的方法，所述方法还包括扩增附接至所述基底的所述表面的所述拷贝。