[发明专利]使用临床知识来改善对下一代测序的使用

权利要求书

1.一种使用一个或多个处理器(220)实施的方法(100)，包括：

识别(105)符合条件进行下一代测序的受感染患者；

基于医院数据库来确定(110)针对所述受感染患者的患者护理轨迹，其中，所述患者护理轨迹是根据对所述受感染患者与医疗资源的物理接触的一个或多个数据库记录来确定的；

对来自所述受感染患者的分离株进行测序(115)；

在所述测序的同时，识别(120)有感染风险的一个或多个额外患者，其中，所述识别包括：

基于所述医院数据库来确定(125)所述受感染患者的所述患者护理轨迹与所述一个或多个额外患者的一个或多个额外患者护理轨迹的重叠，以及

基于所述重叠以及针对所述一个或多个额外患者中的每个额外患者的多个临床数据点来确定(130)对所述一个或多个额外患者的感染风险；

基于来自经测序的分离株的序列数据以及对所述一个或多个额外患者的所述感染风险来确定(135)对所述一个或多个额外患者的更新的传播风险；以及

使(140)一个或多个计算设备绘制输出，所述输出包括对所述一个或多个额外患者的所述更新的传播风险的用户可解读表示(300、400)。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述医疗资源包括病房、病床或手术室中的一个或多个。

3.根据权利要求1所述的方法，其中，所述医疗资源包括与所述受感染患者接触的一个或多个护理人员。

4.根据权利要求1所述的方法，其中，所述医疗资源包括由所述受感染患者或医务人员用于处置所述受感染患者的医疗仪器的一个或多个零件。

5.根据权利要求1所述的方法，其中，针对所述一个或多个额外患者中的每个患者的所述多个临床数据点包括由以下各项组成的组中的一个或多个：年龄、性别、免疫力虚弱、入院类型、当前的抗生素使用情况、终生的抗生素使用情况或病史。

6.根据权利要求1所述的方法，其中，针对所述一个或多个额外患者中的每个患者的所述多个临床数据点包括一个或多个实时生理参数。

7.根据权利要求6所述的方法，其中，所述一个或多个实时生理参数包括由以下各项组成的组中的一个或多个：血压、心率、血液氧合状况或温度。

8.根据权利要求1所述的方法，其中，确定对所述一个或多个额外患者的所述更新的传播风险包括评价所述分离株的毒力水平。

9.根据权利要求1所述的方法，其中，确定对所述一个或多个额外患者的所述更新的传播风险包括评价所述分离株的抗生素耐药谱。

10.根据权利要求1所述的方法，还包括显示针对所述一个或多个患者的一个或多个建议的处置方案修改的用户可解读表示。

11.根据权利要求1所述的方法，其中，对所述一个或多个额外患者的所述更新的传播风险的所述用户可解读表示是热图(400)。