[发明专利]通过细菌宏基因组分析来诊断慢性阻塞性呼吸道疾病的方法

权利要求书

1.一种为慢性阻塞性气道疾病的诊断提供信息的方法，该方法包括以下过程：

(a)从分离自受试者样品的细胞外囊泡中提取DNA；

(b)使用具有SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2的成对的引物对所提取的所述DNA进行聚合酶链式反应(PCR)；以及

(c)通过对所述PCR的产物进行测序，比较来源于正常个体的样品和来源于慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者的样品之间的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少，

通过对所述PCR的产物进行测序，比较来源于正常个体的样品和来源于哮喘患者的样品之间的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少，或者

通过对所述PCR的产物进行测序，比较来源于哮喘患者的样品与来源于COPD患者的样品之间的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，在过程(c)中，经由通过对所述PCR的产物进行测序，比较来源于正常个体的样品和来源于COPD患者的样品之间的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断COPD。

3.根据权利要求2所述的方法，其中，在过程(c)中，所述比较包括比较：

来源于选自由柔膜菌门(Tenericutes)的细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；

来源于选自由柔膜细菌纲(Mollicutes)和索利氏菌纲(Solibacteres)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；

来源于选自由不等鞭毛目(Stramenopiles)、红杆菌目(Rubrobacterales)、苏黎世杆菌目(Turicibacterales)、红环菌目(Rhodocyclales)、RF39目和索利氏菌目(Solibacterales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；

来源于选自由红杆菌科(Rubrobacteraceae)、苏黎世杆菌科(Turicibacteraceae)、红环菌科(Rhodocyclaceae)、诺卡氏菌科(Nocardiaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、S24-7科、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)和戈登氏菌科(Gordoniaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；或

来源于选自由嗜氢菌属(Hydrogenophilus)、变形杆菌属(Proteus)、土芽孢杆菌属(Geobacillus)、色盐杆菌属(Chromohalobacter),红杆菌属(Rubrobacter)、巨单胞菌属(Megamonas)、苏黎世杆菌目(Turicibacterales)、红球菌属(Rhodococcus)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、SMB53属、脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)、咸海鲜球菌属(Jeotgalicoccus)、克劳斯氏菌属(Cloacibacterium)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、埃希氏菌属(Escherichia)、贪铜菌属(Cupriavidus)、安德克氏菌属(Adlercreutzia)、梭菌属(Clostridium)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、戈登氏菌属(Gordonia)、微球菌属(Micrococcus)、粪球菌属(Coprococcus)、新鞘氨醇杆菌属(Novosphingobium)、水栖菌属(Enhydrobacter)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)和短波单胞菌属(Brevundimonas)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

4.根据权利要求1所述的方法，其中，在过程(c)中，经由通过对所述PCR的产物进行测序，比较来源于正常个体的样品和来源于哮喘患者的样品之间的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断哮喘。