[发明专利]用于鉴定多个基因组编辑和预测鉴定的基因组编辑的集总效应的系统和方法

权利要求书

1.一种用于预测生物体中多个基因组编辑的表型影响的方法，所述方法包括：

基于基因组注释、全基因组关联研究(GWAS)分析、基因表达数据和生化途径模型中的至少一者，鉴定所述生物体的基因组序列的候选编辑群体；

由计算装置基于预测的每个候选编辑影响所述生物体中的一种或多种感兴趣的性状的能力来对所述候选编辑中的每个候选编辑进行排名，所述预测的能力为基于引起效应的概率、所述效应的大小和非参数分类参数中的至少一者；

由所述计算装置基于所述排名来选择所述候选编辑中的多个候选编辑；以及

由所述计算装置预测当所述一种或多种感兴趣的性状由具有基因组序列的所述生物体的试样表达并根据所述候选编辑中的所述选择的多个候选编辑进行编辑时，与所述生物体的未编辑试样相比，所述候选编辑中的所述选择的多个候选编辑对所述一种或多种感兴趣的性状的集总效应。

2.如权利要求1所述的方法，其中预测所述候选编辑中的所述选择的多个候选编辑的所述集总效应包括加总所述候选编辑中的所述选择的多个候选编辑中的每一个候选编辑的预测效应。

3.如权利要求1中任一项所述的方法，所述方法还包括根据所述候选编辑中的所述选择的多个候选编辑来修饰靶标生物体；以及

基于所述修饰的靶标生物体和至少一个未修饰的靶标生物体，测量所述候选编辑中的所述选择的多个候选编辑对所述一种或多种感兴趣的性状的集总效应，由此允许在不测量所述候选编辑中的所述选择的多个候选编辑中的每一个的效应的情况下决定所述候选编辑中的所述选择的多个候选编辑的所述集总效应。

4.如权利要求1所述的方法，所述方法还包括：由所述计算装置确定要用于验证所述候选编辑中的所述选择的多个候选编辑的样本大小；以及

使与所述确定的样本大小一致的多个生物体进入栽培空间，由此允许验证所述集总效应。

5.如权利要求4所述的方法，其中所述生物体包括植物；并且

其中所述一种或多种感兴趣的性状与经济重要性相关。

6.如权利要求5所述的方法，其中所述生物体包括玉蜀黍植物。

7.一种产生具有增强的性状或表型的生物体的方法，所述方法包括：

基于基因组注释、全基因组关联研究(GWAS)分析、基因表达数据和生化途径模型中的至少一者，鉴定基因组序列的候选编辑群体；

由计算装置基于预测的每个候选编辑影响感兴趣的性状的能力来对所述候选编辑中的每个候选编辑进行排名，所述预测的能力为基于引起效应的概率、所述效应的大小和非参数分类参数中的至少一者；

由所述计算装置基于所述排名来选择所述候选编辑中的多个候选编辑；

由所述计算装置预测当所述感兴趣的性状由具有基因组序列的试样表达并根据所述候选编辑中的所述选择的一个或多个候选编辑进行编辑时，与具有所述基因组序列的未编辑试样相比，所述候选编辑中的所述选择的一个或多个候选编辑对所述感兴趣的性状的集总效应；

用所述候选编辑中的所述选择的多个候选编辑来对与所述基因组序列一致的未编辑生物体进行修饰；以及

将具有所述选择的候选编辑的所述修饰的生物体连同与所述基因组序列一致的未编辑生物体一起于栽培空间中生长和/或栽培，从而允许验证所述预测的集总效应。

8.如权利要求7所述的方法，其中所述生物体包括植物；和/或

其中所述生物体包括玉蜀黍植物。

9.如权利要求7所述的方法，其中鉴定所述候选编辑群体包括由所述计算装置鉴定所述候选编辑群体；并且

其中所述方法还包括：

在修饰未编辑生物体之前，确定要用于验证所述集总效应的样本大小；以及

其中修饰所述未编辑生物体包括用所述选择的候选编辑来修饰与所述确定的样本大小一致的多个未编辑生物体