[发明专利]单细胞分析

权利要求书

1.一种用于条形码化来自单细胞转录组的核酸的微流体方法，所述方法包括：

-提供微流体装置，所述微流体装置包含芯片，所述芯片包含至少一个微流体通道和多个储库，

-向所述微流体通道的入口注入载体流体，所述载体流体包含分散在所述载体流体中的多个第一类型的液滴，其中所述第一类型的液滴是单细胞液滴或RT液滴，其中所述RT液滴的至少一些包含逆转录酶和至少一种寡核苷酸，和其中所述单细胞液滴的至少一些包含一个单细胞，其中所述单细胞包含来自单细胞转录组的核酸，

-对于多个储库，第一迁移步骤，其中通过浮力将在所述多个液滴中的所述第一类型的至少一个液滴移动到所述多个储库的一个储库中，

-向所述微流体通道的入口注入载体流体，所述载体流体包含分散在所述载体流体中的多个第二类型的液滴，其中所述第二类型的液滴是单细胞液滴或RT液滴，和其中当所述第一类型的液滴是单细胞液滴时所述第二类型的液滴是RT液滴，或者当所述第一类型的液滴是RT液滴时所述第二类型的液滴是单细胞液滴，

-对于多个储库，第二迁移步骤，其中，所述第二类型的至少一个液滴的至少一部分进入所述多个储库的一个储库中，

-针对各个储库在所述至少一个单细胞上进行表型测定，从而为各个储库映射所述至少一个单细胞的所述表型，

-对于多个储库，所述第一类型的所述至少一个液滴与所述第二类型的所述至少一个液滴在各个储库中或在其边缘处融合，从而产生融合的液滴，

-以及还包括以下步骤：

a)针对每个融合的液滴，在所述融合的液滴中将所述来自单细胞转录组的核酸的至少一些与所述至少一种寡核苷酸杂交，

b)在每个融合的液滴中，将在所述融合的液滴中存在的所述来自单细胞转录组的核酸的至少一些逆转录，从而产生单细胞cDNA，和

c)将至少一种条形码序列附接至在步骤b)中获得的所述单细胞cDNA上，其中所述至少一种条形码序列编码所述单细胞的身份，

或者

-还包括以下步骤：

a)针对每个融合的液滴，在所述融合的液滴中将来自至少一种细胞的来自单细胞转录组的核酸的至少一些与所述至少一种寡核苷酸杂交，其中所述至少一种寡核苷酸包含至少一种条形码序列，

b)在每个融合的液滴中，将在所述融合的液滴中存在的所述来自单细胞转录组的核酸的至少一些逆转录，从而产生条形码化的单细胞cDNA，其中所述至少一种条形码序列编码所述单细胞的身份，

-将所述单细胞的身份与所述至少一个单细胞的所述表型联系起来。

2.根据权利要求1所述的微流体方法，其中所述RT液滴还包含第一类型的至少一个颗粒，所述至少一种寡核苷酸与之结合。

3.根据权利要求1或2所述的微流体方法，其中所述RT液滴还包含聚合物。

4.根据权利要求1所述的微流体方法，其中所述多个所述第一类型的液滴具有1pL至3000pL的平均体积。

5.根据权利要求1所述的微流体方法，其中所述多个所述第二类型的液滴具有10pL至5000pL的平均体积。

6.根据权利要求1所述的微流体方法，其中所述第一类型的至少一个液滴的所述第一迁移步骤导致占据储库总数的90％至100％和/或导致所注射的所述第一类型的液滴的捕获效率为80％至100％。

7.根据权利要求1所述的微流体方法，其中所述第二类型的所述至少一个液滴的所述至少一部分指所述第二类型的所述至少一个液滴的总体积的90％至100％或者指所述第二类型的所述至少一个液滴的总体积的10％至30％。

8.根据权利要求1所述的微流体方法，其中所述融合步骤导致所述第一类型的液滴与所述第二类型的液滴之间90％至100％的融合效率。

9.根据权利要求1所述的微流体方法，其中所述单细胞具有感兴趣的表型。

10.根据权利要求9所述的微流体方法，其中所述单细胞的身份包括基因型或表观遗传信息。