[发明专利]一种蛋鸡全基因组SNP芯片及其应用

说明书

提供了一种蛋鸡全基因组SNP芯片及其应用，该芯片上的SNP位点分别源于中国主要蛋鸡各品系共有的14624个SNP位点；与蛋鸡抗病性状相关的3677个SNP位点；与蛋鸡经济性状相关联的1.6万个SNP位点；弥补前述探针未覆盖的基因组区域的9358个SNP位点。该蛋鸡全基因组SNP芯片上的43681个SNP具有SEQ ID NO.1‑43681所示的DNA序列，该芯片可以特异性地鉴定商业化蛋鸡与地方品种蛋鸡的亲缘关系，还可以进行全基因组关联分析、全基因组选择育种，以及目标性状QTL定位分析和群体遗传学分析等应用。

技术领域

本发明涉及分子生物学、功能基因组学、生物信息学和基因组育种领域，更具体涉及一种鸡全基因SNP芯片及其用途。

背景技术

SNP是指基因组水平上由单个核苷酸碱基的改变而导致核酸序列的多态性，其变异形式包括转换、颠换、缺失和插入等，具有数量多、分布广泛和易检测等特点。SNP作为一种遗传标记分子，对质量性状、经济性状以及一些复杂的疾病性状的遗传变异具有贡献，因此被广泛应用于遗传研究中。SNP芯片是将大量带有荧光标记的DNA探针固定在玻璃基片上通过光蚀刻而成，其原理是通过探针DNA链与检测目标基因组DNA进行杂交、结合，再经染色剂染色后利用激光扫描从而对SNP进行基因分型。SNP生物芯片的优势在于检测通量很大，一次可以检测几十万甚至几百万个SNP位点，其检测的准确性也很高。

全基因组SNP芯片即单核苷酸多态性(SNP)微阵列(Array)，将数百万DNA标记序列排列在玻片或特殊硅片上，固定形成SNP探针阵列。它的工作原理是通过固定在芯片上的DNA标记序列与目标基因组发生碱基配对反应，从而精准鉴定基因信息。基因芯片运用先进的微生化反应技术、显微标记技术、微米级扫描分辨成像技术和生物信息计算机处理技术，准确鉴定检测生物个体中特定的mRNA或DNA序列。鸡的商业化SNP芯片主要有两款，Illumina公司的iSelect chicken 60K SNP芯片(已经下架，归美国科宝公司所有)和Affymetrix公司的600K高密度芯片。目前市场上仅售的Affymetrix 600K SNP芯片富含约56万个SNP，其位点主要来源于国外的商业化肉鸡品系、蛋鸡品系和一些近交系，相比之前Illumina 60K芯片，该芯片密度有了很大的提高，但是这些位点在中国地方品种中的应用却没有达到理想的效果。申请人前期的检测结果(约2,600个蛋鸡个体)发现Affymetrix600K高密度SNP芯片上约一半的位点多态性较差，再加上昂贵的成本也进一步阻碍了它在我国大规模群体中的实际应用。

畜禽全基因组SNP芯片由于标记密度高，均匀覆盖全基因组、具有测定准确率高、易实现标准化和自动化检测等诸多优势，可以应用于分子遗传研究和分子辅助育种等各个方面，可为育种上下游过程提供支持，包括种质资源遗传多样性分析、亲缘关系分析、全基因组关联分析、数量性状QTL定位分析和选择进化研究等。其中非常重要的应用是在全基因组选择育种(Genomic Selection)中的应用。全基因组选择是当前畜禽育种中主要选育技术，运用全基因组标记，估计所有可能的遗传效应，解释全部的遗传变异，通过统计标记的遗传效应，进行全基因组育种值的预测，具有育种值估计准确性高、遗传进展快的优点，已应用于奶牛、生猪、国外高产蛋鸡和快大型白羽肉鸡的商业化品系选育实践。

然而，现有鸡600K商业化SNP芯片(Genome-Wide Chicken GenotypingArray)位点信息多来源于国外商业蛋鸡和肉鸡品种，缺少中国地方鸡种(肉用或优质蛋用鸡品种)基因组变异信息，在应用于中国地方鸡种选育及相关基础科学研究中具有较大局限性。其次，由于鸡与其他动物相比，具有品种繁多、群体量大、但是个体价格低廉等特点，所以进行大群体样本检测中，需要一款价格相对低廉的全基因组SNP芯片。因此，蛋鸡育种行业及科研领域均亟待开发一种通量适中，包含中国地方蛋鸡品种特有遗传变异信息，通量适中的蛋鸡全基因组SNP芯片。

发明内容

本发明的目的在于提供一种蛋鸡全基因组SNP芯片及其应用。