[发明专利]使用肿瘤教育的血小板的针对癌症的群智能增强的诊断和治疗选择在审

专利信息
申请号: 201880003014.5 申请日: 2018-02-19
公开(公告)号: CN109642259A 公开(公告)日: 2019-04-16
发明(设计)人: 托马斯·武丁格尔;迈伦·吉斯兰·贝斯特 申请(专利权)人: 阿姆斯特丹自由大学医学中心基金会
主分类号: C12Q1/6886 分类号: C12Q1/6886
代理公司: 北京派特恩知识产权代理有限公司 11270 代理人: 王子晔;姚开丽
地址: 荷兰阿*** 国省代码: 荷兰;NL
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摘要:
搜索关键词: 生物标志物组 基因表达谱 无核细胞 肿瘤 癌症 归类 粒子群优化 受试者样品 诊断和治疗 血小板 免疫疗法 配体 算法 教育 施用 智能
【权利要求书】:

1.一种对癌症患者施用免疫疗法的方法,所述免疫疗法调节PD-1与其配体之间相互作用,所述方法包括以下步骤:

-提供来自所述患者的样品,所述样品包含从所述患者的无核细胞获得的mRNA产物;

-确定表1中列出的至少4个基因的基因表达水平;

-比较经确定的基因表达水平与参考样品中所述基因的参考表达水平;

-基于与所述参考的比较,将所述患者归为所述免疫疗法的阳性响应者,或归为非阳性响应者;和

-对被归为阳性响应者的癌症患者施用免疫疗法。

2.根据权利要求1所述的方法,其中,所述癌症患者是肺癌患者,优选非小细胞肺癌患者。

3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法,其中,所述无核细胞是凝血细胞。

4.根据前述权利要求中任一项所述的方法,所述方法包括确定表1中列出的至少10个基因、优选所有基因的基因表达水平。

5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法,其中,通过从所述患者的血液样品中分离无核细胞、优选凝血细胞,并从经分离的细胞中分离mRNA来获得所述样品。

6.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中,所述基因表达水平通过下一代测序确定。

7.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中,所述免疫疗法包括nivolumab。

8.一种针对存在或不存在癌症对受试者样品进行归类的方法,所述方法包括以下步骤:

-提供来自所述受试者的样品,其中,所述样品包含从所述受试者的无核细胞获得的mRNA产物;

-确定表2中列出的至少5个基因的基因表达水平;

-比较经确定的基因表达水平与参考样品中所述基因的参考表达水平;和

-基于经确定的基因表达水平与所述参考基因表达水平之间的比较,将所述样品归类为存在或不存在癌症。

9.根据权利要求8所述的方法,其中,所述癌症是肺癌,优选非小细胞肺癌。

10.根据权利要求8或权利要求9所述的方法,所述方法包括确定表2中列出的至少10个基因、优选所有基因的所述基因表达水平。

11.根据权利要求8-10中任一项所述的方法,其中,所述无核细胞是凝血细胞。

12.根据权利要求8-11中任一项所述的方法,其中,通过从所述受试者的血液样品中分离无核细胞、优选凝血细胞,并从经分离的细胞中分离mRNA来获得所述样品。

13.调节PD-1与其配体之间相互作用的免疫疗法,所述免疫疗法用于治疗癌症患者、优选肺癌患者的方法中,其中,所述癌症患者通过以下步骤选择:

-归类来自所述患者的样品,所述样品包含从所述受试者的无核细胞获得的mRNA产物;

-确定表1中列出的至少4个基因的基因表达水平;

-比较经确定的基因表达水平与参考样品中所述基因的表达水平;

-基于与参考的比较,将所述患者归为所述免疫疗法的阳性响应者,或归为非阳性响应者;和

-为被选为阳性响应者的癌症患者分配免疫疗法。

14.一种获得生物标志物组的方法,所述生物标志物组用于归类来自受试者的样品,所述方法包括:

-从具有情况A的受试者的液体样品中分离无核细胞、优选凝血细胞;

-从经分离的细胞中分离RNA;

-确定所述经分离的RNA中至少100个基因的RNA表达水平;

-确定来自不具有情况A的受试者的对照样品中所述至少100个基因的RNA表达水平;和

-使用基于粒子群优化的算法来获得生物标志物组,所述生物标志物组区分具有情况A的受试者与不具有情况A的受试者。

15.根据权利要求14所述的方法,其中,所述具有情况A的受试者患有癌症、优选肺癌,或者对癌症治疗具有已知响应。

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