[发明专利]一种高通量简易细胞O-糖基化位点的富集、鉴定方法有效
申请号: | 201811650406.9 | 申请日: | 2018-12-31 |
公开(公告)号: | CN109738533B | 公开(公告)日: | 2022-06-21 |
发明(设计)人: | 黄江铭;曹纬倩;蒋碧云;杨芃原 | 申请(专利权)人: | 复旦大学 |
主分类号: | G01N30/02 | 分类号: | G01N30/02;G01N30/08;G01N33/68 |
代理公司: | 上海正旦专利代理有限公司 31200 | 代理人: | 陆飞;陆尤 |
地址: | 200433 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 通量 简易 细胞 糖基化位点 富集 鉴定 方法 | ||
1.一种高通量简易细胞O-糖基化位点的富集、鉴定方法,其特征在于,具体步骤如下:
(1)通过在细胞培养环境中加入O-GalNAc糖链合成抑制剂,使O-GalNAc糖链合成抑制在单个GalNAc的水平;
(2)然后通过超滤辅助凝集素富集技术实现O-GalNAc糖肽的富集,利用单糖竞争机制释放富集到的O-GalNAc糖肽;其中包括:
(a)加入PNGase F和唾液酸酶去除N-糖链和唾液酸;
(b)用C18小柱对酶解后的肽段除盐,随后冻干;
(c)将凝集素与除盐后的肽段一起孵育;
(d)将孵育后的凝集素溶液转移至超滤管,进行超滤,并清洗5次以上,洗去未与凝集素结合的非糖蛋肽;
(e)在体系中加入终浓度0.1~1mol/L的GalNAc,孵育0.5~2 h,通过单糖竞争作用,将与凝集素结合的O-GalNAc糖肽释放下来;
所述凝集素为长柔毛野豌豆外源凝集素;
(3)最后通过LC-MS,高通量鉴定O-GalNAc糖基化位点;
O-GalNAc糖链合成抑制剂为Benzyl2-acetamido-2-deoxy–α -D-galactopyranoside;
流程(1)中加入抑制剂的浓度为1~10mM;
流程(2)中,细胞在抑制剂环境下培养的时间为24~48h。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,具体操作流程为:
(1)将O-GalNAc糖链合成抑制剂加入细胞培养基中;
(2)细胞在含抑制剂的培养基中培养;
(3)弃去培养基,用PBS清洗3次后进行常规的细胞收集、蛋白裂解和胰酶酶解;
(4)加入PNGase F和唾液酸酶去除N-糖链和唾液酸;
(5)用C18小柱对酶解后的肽段除盐,随后冻干;
(6)将凝集素与除盐后的肽段一起孵育;
(7)将孵育后的凝集素溶液转移至超滤管,进行超滤,并清洗5次以上,洗去未与凝集素结合的非糖蛋肽;
(8)在体系中加入终浓度0.1~1mol/L的GalNAc,孵育0.5~2 h,通过单糖竞争作用,将与凝集素结合的O-GalNAc糖肽释放下来;
(9)超滤,并清洗2~5次,合并收集的O-GalNAc糖肽和GalNAc的混合溶液;
(10)通过C18小柱除盐除去体系中的盐和GalNAc,随后冻干;
(11)做LC-MS分析,鉴定O-GalNAc糖基化位点。
3. 根据权利要求2所述的方法,其特征在于,流程(4)中,加入的PNGase F和唾液酸酶以300~500 U对应1 mg起始蛋白的比例加入,37℃孵育14~18小时。
4. 根据权利要求2所述的方法,其特征在于,流程(6)中,凝集素加入的浓度为1~5 微克/微升;室温孵育,孵育时间为0.5~3 h,孵育以及超滤的溶液为10~100 mMTris/HCl pH为7~8,0~2mM MnCl 2 , 0~2mM CaCl 2 , 0~2 MNaCl。
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