[发明专利]一种自动解析稳定同位素标记糖链定量质谱数据的方法有效
申请号: | 201811650390.1 | 申请日: | 2018-12-31 |
公开(公告)号: | CN109738532B | 公开(公告)日: | 2022-07-22 |
发明(设计)人: | 黄江铭;蒋碧云;曹纬倩;杨芃原 | 申请(专利权)人: | 复旦大学 |
主分类号: | G01N30/02 | 分类号: | G01N30/02;G01N30/06;G01N33/68 |
代理公司: | 上海正旦专利代理有限公司 31200 | 代理人: | 陆飞;陆尤 |
地址: | 200433 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 自动 解析 稳定 同位素标记 定量 数据 方法 | ||
1.一种自动解析稳定同位素标记糖链定量质谱数据的方法,其特征在于,基于糖链的理论同位素分布模式和质谱碎裂特性,通过最高理论同位素强度峰定量,对同位素交叠进行准确的校正,具体步骤如下:
(1)对公开数据库中的糖链信息,计算出对应的每种糖型对应的元素组成,计算出不同元素天然同位素的二项分布,并进行线性加和,生成理论同位素峰分布;
(2)根据步骤(1)的结果,挑选用于定量的同位素峰;
(3)对于标记质量差较小的同位素标记定量时,对同位素峰进行准确的校正和交叠部分扣除;
(4)通过校正以后的峰强度的比,输出定量结果;
步骤(2)中所述挑选用于定量的同位素峰,是挑选强度最高的同位素峰进行定量;糖链同位素峰挑选原则为:分子量在2250以下的选择第一同位素峰作为定量基准峰,2250-3850的分子量中第二同位素峰作为定量基准峰,以此类推;
步骤(3)中所述对同位素峰进行准确的 校正,对于单电荷的分子,采用如下算法:设H,L分别为轻、重标记选定的质谱谱峰报道值,Htrue, Ltrue为轻重标记的真实质谱峰强度,i表示最高强度同位素峰相比单同位素峰的位置,m表示搜库出来的糖链对应在谱图上的真实质荷比,Ltrue、Htrue前面的系数由gQuant软件直接导出;于是校正算式为:
式中,△m表示所用的同位素标记试剂的轻重同位素质量数差异,l和 h分别表示数据库对应糖链的同位素峰分布的计算值;下标i,i+△m,i-△m分别表示选定用于积分的峰序数,选定用于积分的峰序数增加△m,选定用于积分的峰序数减去△m;
步骤(4)中所述通过校正以后的峰强度的比,输出定量结果,是将该糖链不同缀合物、不同价态的定量比值叠加,得到最终的定量比值,公式如下:
式中,第一项表示所有的缀合物的加和,将加纳峰加钾峰都加上,第二项表示所有的价态,将带一个电荷的、两个电荷的都加上。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,采用gQuant软件计算数据库中的糖链的理论同位素分布,所述数据库是理论糖链数据库、实验获得糖链数据库或者使用者指定的糖库。
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