[发明专利]一种批量分析微卫星数据的生物信息学方法

权利要求书

1.一种批量分析微卫星数据的生物信息学方法，包括如下流程步骤：

(1)通过对扩增成功的SSR样品进行条带的读取，然后由软件GeneMarker分析并记录每个SSR位点等位基因大小获得微卫星数据，得到最终SSR数据文件，标记为A数据集(文件A.xls)，A数据集中，位点名称假定为Locus1、Locus2、Locus3······，样品名称假定为Sample1、Sample2、Sample3、Sample4······；

所述A数据集中一般存在数值缺失情况，缺失的数值为空缺状态；

(2)在office软件中打开A数据集，另存为csv格式，标记为B数据集(文件B.csv)，数据格式不变，在A数据集第一行加上通用表头信息“Allele A和Allele B”，保存，标记为C数据集(文件C.xls)；

所述B数据集(文件B.csv)为满足软件Cervus v3.0输入格式的文件，所述C数据集(文件C.xls)为满足软件MICRO-CHECKER v2.2.3输入格式的文件；

(3)在Windows系统中分别利用Cervus v3.0、MICRO-CHECKER v2.2.3软件对B数据集和C数据集进行分析，得到“Cervus-result.txt”，“MICRO-CHECKER-result.txt”文件；

所述“Cervus-result.txt”，“MICRO-CHECKER-result.txt”文件为运用不同的方法检测无效等位位点后得到的结果，取二者无效等位位点的并集，用于下一步去除无效等位位点的步骤中；

(4)步骤(3)得到的无效等位位点的名称假定为Locus2和Locus4，输入到新建的“tag_list.txt”文件中，位点名称之间用换行符隔开，在office软件中打开A数据集，另存为txt格式，标记为D数据集(文件D.txt)，数据格式不变，D数据集在运行前要置于“delete_null_loci.pl”脚本的文件夹内，通过命令行“perl delete_null_loci.pl D.txt tag_list.txtE.txt”运行脚本，可自动将D数据集中无效等位位点Locus2和Locus4删去，得到文件标记为E数据集(文件E.txt)；

(5)在office软件中打开步骤(4)得到的E数据集，删除第一行信息，增加第二列信息，并通过office软件查找替换功能将缺失数据替换成数值“-9”，保存标记为F数据集(文件F.txt)，将名称“F.txt”输入到perl脚本“structure_convert.pl”中，同时输入生成文件的名称，标记为G，F数据集在运行前要置于“structure_convert.pl”脚本的文件夹内，通过命令行“perl structure_convert.pl”运行脚本，进行数据格式的转换，得到文件G数据集，文件G，无后缀；

所述F数据集为满足软件STRUCTURE v2.3.4输入格式的文件；

(6)将步骤(5)得到的G数据集导入软件STRUCTURE v2.3.4中进行分析，得到名称为“result”的结果文件夹，在Windows系统中用压缩软件将其压缩为zip格式，标记为H数据集(H.zip)，然后在STRUCTURE HARVESTER中上传H数据集，点击按钮“Harvest！”即可得到计算结果；

(7)在office软件中打开步骤(4)得到的E数据集，插入前两行和第二列并添加特定信息，并通过替换功能将缺失数据替换成数值“0”，保存得到I数据集(I.txt)，I数据集的数据格式见表6；

所述I数据集为满足GenAlEx v6.501软件输入格式的文件；

(8)将步骤(7)得到的I数据集导入软件GenAlEx v6.501中，按照软件默认参数进行PCoA分析。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：步骤(3)中所述“Cervus-result.txt”结果中，F(Null)值大于0.4(F(Null)>0.4)判定该位点为无效等位位点，所述“MICRO-CHECKER-result.txt”结果中，Null Present一栏出现“yes”判定该位点为无效等位位点。