[发明专利]与番茄疮痂病广谱抗性紧密连锁的分子标记及其用途

说明书

本发明涉及与番茄疮痂病广谱抗性基因SlPub24紧密连锁的分子标记、用于检测该分子标记的特异性引物对、包含该特异性引物对的试剂盒、利用该特异性引物对鉴定番茄疮痂病抗性基因的方法及其用途。本发明的分子标记为InDel标记，命名为SlPub‑Del，该标记检测的是位于SlPub24基因的5’‑UTR区的一段189bp序列，缺失该序列的材料对番茄疮痂病表现为抗病。通过实验证明：本发明的InDel标记SlPub‑Del特异性强，可用于番茄疮痂病广谱抗性的分子标记辅助选择，通过苗期筛选即可获得抗病单株，无需进行抗性鉴定，可节约成本，提高选择效率，大大加速育种进程。

技术领域

本发明属于蔬菜遗传育种领域，涉及一种与番茄疮痂病广谱抗性相关的分子标记及其用途。

背景技术

番茄疮痂病是由黄单胞杆菌属(Xanthomonas spp.)多个种引起的一种细菌性病害。早在20世纪40年代，我国湖南、江西一带就有该病害的发生，目前除西藏外的所有省、市、自治区都有报道，是我国番茄生产上的四大细菌性病害之一，对我国的番茄生产造成了较大的影响(Wang et al.2018)。由于该病害的病原菌非常复杂，具有四个种和至少四个生理小种(T1-T4)(Jones et al.2004,2005)，且病原菌能产生抗药性，给病害的药剂防治带来了极大的困难，同时大量施用农药会造成严重的环境污染，破坏生态环境，影响人畜健康，而采用抗病品种是最经济有效的防治措施。

自从番茄疮痂病发生以来，各国科学家一直致力于抗病资源的筛选，以便将抗病材料用于抗病育种。迄今发现的抗病材料大多携带单一抗性，即只对一个生理小种具有抗性，如来自于醋栗番茄的Rx4基因只对T3小种具有抗性，来自于育种材料Hawaii7998的基因Rx3只抗T1小种(Wang et al.2018)。虽然这些基因已经被用于抗病育种，但培育出来的品种都只抗单个小种，不能满足番茄种植地区同时存在多个小种的抗病品种需求。

为此，人们开始寻找具有广谱抗性的资源。樱桃番茄(Solanum lycopersicumvar.cerasiforme)材料PI 114490对番茄疮痂病病原菌所有种和小种都具有抗性(Scottet al.2003,2013)，是一个非常优良的广谱抗病材料。因此，本领域需要开发与该材料广谱抗性紧密连锁的分子标记，从而有助于利用标记辅助选择培育具有广谱抗番茄疮痂病的新品种的研究和实践。

发明内容

为解决现有技术中的上述问题，本发明开发出一个与番茄材料广谱抗性紧密连锁的分子标记，并对该标记的实用性进行了验证，为采用标记辅助选择培育具有广谱抗番茄疮痂病的新品种提供了可靠的分子标记。

在第一个方面，本发明提供了一种与番茄疮痂病抗性基因SlPub24紧密连锁的分子标记(在下文中，有时简称为“本发明的分子标记”)。本发明所针对的番茄疮痂病抗性基因SlPub24定位在11号染色体上。

本发明的分子标记为一个InDel标记(即，插入缺失标记)，该InDel标记(命名为SlPub-Del)位于番茄疮痂病抗性基因SlPub24的5’-UTR区(即，非翻译区)中，自SlPub24的5’-UTR区的起始密码子ATG上游639bp处开始至833bp结束，在番茄抗病材料中缺少所述分子标记中的如序列1所示的一段DNA序列。

具体来说，对于番茄的感病材料和抗病材料，在感病材料中存在长度为191bp的序列1所示的DNA序列，而所述抗病材料中则缺失序列1所示的序列。同时在833bp处，抗病材料有2个碱基在感病材料中缺失，综合二者，感病材料的序列比抗病材料长189bp。另外，抗病材料和感病材料在所述5’-UTR区还存在3个单核苷酸差异，第23位(从5’端计算)，感病材料为C，抗病材料为T；第83位，感病材料为A，抗病材料为T；第343位，感病材料为A，抗病材料为C(还可参见图1)。